Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	2,406,141	A→G	R167R (CGT→CGC)	lrhA ←	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	2,406,141	0	A	G	100.0%	92.1 / NA	25	R167R (CGT→CGC)	lrhA	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (16/9);  total (16/9)

TTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTA  >  NC_000913/2406096‑2406184                                              |                                            ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                           <  1:2243263/48‑1 (MQ=255) ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                           >  1:1489056/1‑48 (MQ=255)     aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                      <  1:1292672/49‑1 (MQ=255)     aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                      >  1:1801689/1‑49 (MQ=255)     aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                      <  1:1485347/49‑1 (MQ=255)       tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                     >  1:1547916/1‑48 (MQ=255)         tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                  >  1:1492199/1‑49 (MQ=255)           tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg                                <  1:1077857/49‑1 (MQ=255)                  cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                         >  1:1714472/1‑49 (MQ=255)                   tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                        >  1:1622996/1‑49 (MQ=255)                     cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGc                      <  1:1926128/49‑1 (MQ=255)                      gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                     >  1:283014/1‑49 (MQ=255)                        aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                    >  1:1832773/1‑48 (MQ=255)                          tACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                 <  1:1863333/49‑1 (MQ=255)                            ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa               <  1:1444656/49‑1 (MQ=255)                             cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc              <  1:553243/49‑1 (MQ=255)                              aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc              >  1:728618/1‑48 (MQ=255)                               gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa            >  1:1863369/1‑49 (MQ=255)                                  tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgg         >  1:1246767/1‑49 (MQ=255)                                   gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg        >  1:1987299/1‑49 (MQ=255)                                    ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt       <  1:1937774/49‑1 (MQ=255)                                      ggCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg     >  1:1017190/1‑49 (MQ=255)                                        cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt    >  1:1586414/1‑48 (MQ=255)                                        cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtagt    >  1:1664879/1‑48 (MQ=255)                                         gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa  >  1:291964/1‑49 (MQ=255)                                              |                                            TTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTA  >  NC_000913/2406096‑2406184

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑