| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 97.7% | 177.9 / ‑0.8 | 44 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base . (28/15); total (29/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAT > NC_000913/3801024‑3801116 | cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:1332490/49‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt > 1:1405317/1‑49 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:365984/1‑49 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:259367/1‑49 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:1294557/1‑49 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:2676418/1‑49 (MQ=255) ataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:1139312/1‑49 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:1204137/47‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:1266830/47‑1 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:2146921/48‑1 (MQ=255) ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:1238087/49‑2 (MQ=255) ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:731365/48‑3 (MQ=255) ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:676686/48‑3 (MQ=255) ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaa > 1:2138968/1‑49 (MQ=255) gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:2702571/49‑1 (MQ=39) gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:1098535/49‑1 (MQ=39) atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:2785821/1‑48 (MQ=39) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 1:2087849/48‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:1059823/1‑48 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:2507367/1‑48 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:708598/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:1112726/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:455959/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:339046/49‑1 (MQ=39) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:2532869/49‑1 (MQ=39) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:2583729/1‑49 (MQ=39) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:2241969/48‑1 (MQ=39) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:240626/49‑1 (MQ=39) gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:941048/1‑49 (MQ=39) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:2191053/48‑1 (MQ=39) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:1766152/1‑49 (MQ=39) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg < 1:1448693/49‑1 (MQ=39) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:1467185/1‑49 (MQ=39) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg < 1:1964833/49‑1 (MQ=39) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc < 1:2653225/49‑1 (MQ=39) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:1743376/49‑1 (MQ=39) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:1284664/1‑49 (MQ=39) tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:2632900/1‑49 (MQ=39) tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:1804544/1‑49 (MQ=39) tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:2839569/1‑49 (MQ=39) aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:1709302/1‑49 (MQ=39) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt > 1:169969/1‑49 (MQ=39) aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2805610/1‑49 (MQ=39) aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1048211/1‑48 (MQ=39) gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1196758/1‑47 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:549071/1‑46 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1907235/1‑46 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:211147/1‑46 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:7787/1‑46 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:922848/1‑46 (MQ=39) tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:378104/1‑47 (MQ=39) tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:1689919/1‑49 (MQ=39) ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:1273131/1‑48 (MQ=39) ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:812829/1‑48 (MQ=39) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa > 1:59573/1‑49 (MQ=39) atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:1495022/1‑49 (MQ=39) atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:221569/1‑49 (MQ=39) | CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAT > NC_000913/3801024‑3801116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |