BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	164.3 / NA	41	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (24/17); total (24/17)

GTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATC  >  NC_000913/4354872‑4354959

gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                          <  1:323133/48‑1 (MQ=255)

gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                          <  1:424089/48‑1 (MQ=255)

    aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                     >  1:2513865/1‑49 (MQ=255)

    aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                     >  1:665430/1‑49 (MQ=255)

    aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                     >  1:1549924/1‑49 (MQ=255)

     aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                    <  1:2795451/49‑1 (MQ=255)

      aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                   <  1:2081562/49‑1 (MQ=255)

      aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                    >  1:366363/1‑48 (MQ=255)

      aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                    >  1:530066/1‑48 (MQ=255)

        gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                 >  1:1941447/1‑49 (MQ=255)

          cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                >  1:67453/1‑48 (MQ=255)

          cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                               <  1:2794605/49‑1 (MQ=255)

           ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                              >  1:1114100/1‑49 (MQ=255)

           ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                              >  1:717324/1‑49 (MQ=255)

            tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                              >  1:2660813/1‑48 (MQ=255)

             attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                             <  1:650032/48‑1 (MQ=255)

             attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                             >  1:2234049/1‑48 (MQ=255)

               taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                          >  1:1247994/1‑49 (MQ=255)

                 aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                         >  1:683804/1‑48 (MQ=255)

                 aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                         >  1:2851926/1‑48 (MQ=255)

                 aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa                        <  1:377366/49‑1 (MQ=255)

                 aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa                        <  1:802512/49‑1 (MQ=255)

                 aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa                        <  1:2295543/49‑1 (MQ=255)

                     cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                    >  1:1686193/1‑49 (MQ=255)

                      gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                      <  1:2825986/46‑1 (MQ=255)

                      gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                   >  1:1086972/1‑49 (MQ=255)

                      gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                   <  1:2093619/49‑1 (MQ=255)

                        tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                 >  1:1317402/1‑49 (MQ=255)

                          tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                >  1:1725082/1‑48 (MQ=255)

                          tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                >  1:1084155/1‑48 (MQ=255)

                           gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt               <  1:490426/48‑1 (MQ=255)

                           gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt               <  1:2625465/48‑1 (MQ=255)

                           gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt               <  1:1660263/48‑1 (MQ=255)

                           gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt               <  1:1187883/48‑1 (MQ=255)

                             tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc             >  1:543014/1‑48 (MQ=255)

                               gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa           >  1:2791336/1‑48 (MQ=255)

                                tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa         <  1:2633556/49‑1 (MQ=255)

                                 gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg        >  1:28094/1‑49 (MQ=255)

                                      aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt   >  1:1983394/1‑49 (MQ=255)

                                       aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc  <  1:2823844/49‑1 (MQ=255)

                                       aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc  >  1:1316954/1‑49 (MQ=255)

GTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATC  >  NC_000913/4354872‑4354959

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 35 ≤` `ATCG/ATCG` `< 38 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`