Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	2,406,141	A→G	R167R (CGT→CGC)	lrhA ←	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	2,406,141	0	A	G	100.0%	106.3 / NA	29	R167R (CGT→CGC)	lrhA	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (16/13);  total (16/13)

TTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTA  >  NC_000913/2406096‑2406184                                              |                                            ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                           >  1:2767669/1‑48 (MQ=255)  tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                           >  1:2382397/1‑47 (MQ=255)   gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCa                                         <  1:125712/48‑1 (MQ=255)   gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCa                                         <  1:56171/48‑1 (MQ=255)   gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                        >  1:865978/1‑49 (MQ=255)   gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                        >  1:1617378/1‑49 (MQ=255)     aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                      >  1:2710004/1‑49 (MQ=255)      atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                     <  1:2136830/49‑1 (MQ=255)       tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc                                    <  1:991156/49‑1 (MQ=255)             ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc                              <  1:1958919/49‑1 (MQ=255)                cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                            <  1:4085/48‑1 (MQ=255)                cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                            >  1:2326671/1‑48 (MQ=255)                cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                            >  1:2377744/1‑48 (MQ=255)                cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                           <  1:1337559/49‑1 (MQ=255)                 gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaa                          <  1:227238/49‑1 (MQ=255)                 gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                           >  1:2465807/1‑48 (MQ=255)                     cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg                       <  1:1301829/48‑1 (MQ=255)                     cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg                       <  1:1135805/48‑1 (MQ=255)                         gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                    >  1:2653614/1‑47 (MQ=255)                         gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa                  <  1:2049982/49‑1 (MQ=255)                            ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa               >  1:2364149/1‑49 (MQ=255)                              aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc              >  1:451339/1‑48 (MQ=255)                                tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt           <  1:794977/49‑1 (MQ=255)                                  tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgg         >  1:2292414/1‑49 (MQ=255)                                  tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgg         >  1:595288/1‑49 (MQ=255)                                   gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg        >  1:2223628/1‑49 (MQ=255)                                      ggCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg     >  1:815123/1‑49 (MQ=255)                                      ggCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg      <  1:200928/48‑1 (MQ=255)                                         gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa  >  1:704841/1‑49 (MQ=255)                                              |                                            TTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTA  >  NC_000913/2406096‑2406184

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑