Predicted mutation
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RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

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*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	158.7 / NA	40	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (16/24);  total (16/24)

ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATC  >  NC_000913/4354869‑4354959                                               |                                             aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                            <  1:2039166/49‑1 (MQ=255)  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                           <  1:2012825/49‑1 (MQ=255)  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                           <  1:602830/49‑1 (MQ=255)    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                         <  1:257874/49‑1 (MQ=255)    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                         >  1:812401/1‑49 (MQ=255)     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                        <  1:1388631/49‑1 (MQ=255) 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                                   tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa         <  1:846173/49‑1 (MQ=255)                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt       <  1:332029/49‑1 (MQ=255)                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt      <  1:1954545/48‑1 (MQ=255)                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa     <  1:527938/48‑1 (MQ=255)                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc  <  1:564711/49‑1 (MQ=255)                                               |                                             ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATC  >  NC_000913/4354869‑4354959

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑