| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 50 [0] | [0] 49 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 45 (1.690) | 35/94 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101348‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > NC_000913/2137718‑2137765 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:311394/1‑49ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:1408594/1‑49 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG < 1:2014389/49‑1 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 1:200891/1‑49 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:968635/1‑49 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:1593528/1‑49 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:265017/1‑48 AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:472489/1‑49 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:1396282/1‑49 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:1840748/49‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:186426/49‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:330396/1‑49 ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC > 1:894474/1‑49 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC > 1:864027/1‑48 AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:2091748/1‑49 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:658678/1‑49 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA < 1:18111/49‑1 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:1034594/1‑49 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:1653533/1‑49 tTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:1162912/2‑49 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:1695048/48‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 1:850119/49‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 1:473875/49‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA < 1:703319/49‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA < 1:1158176/49‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT > 1:1913841/1‑48 TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:684473/1‑48 ATATGCTTACGGCTTTATATGTATCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT > 1:474854/1‑49 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT < 1:1147422/48‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT < 1:570218/49‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT < 1:1125660/49‑1 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:64437/1‑49 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:334438/48‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:516938/48‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:1694123/48‑1 TTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA > 1:264104/1‑49 TTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA > 1:1121700/1‑49 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:1366883/48‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:19612/48‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA > 1:1440049/1‑49 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATT < 1:239244/48‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 1:992147/49‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT > 1:1713634/1‑49 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATT < 1:1219422/49‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 1:1594496/49‑1 TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 1:286113/1‑49 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACC < 1:1721175/48‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:173184/1‑49 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 1:1656122/49‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 1:1091002/49‑1 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101348‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > NC_000913/2137718‑2137765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |