Predicted mutation
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RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

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*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	152.0 / NA	38	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (18/20);  total (18/20)

ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG  >  NC_000913/4354869‑4354960                                               |                                              aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                             <  1:1702199/49‑1 (MQ=255)  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                            <  1:628263/49‑1 (MQ=255)    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                           <  1:1991139/48‑1 (MQ=255)    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                          >  1:1903364/1‑49 (MQ=255)     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                         <  1:1522532/49‑1 (MQ=255)      ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                         >  1:630639/1‑48 (MQ=255) 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               tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                               >  1:1246810/1‑48 (MQ=255)                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                              >  1:1861506/1‑48 (MQ=255)                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                           <  1:1173313/48‑1 (MQ=255)                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                          <  1:1970741/48‑1 (MQ=255)                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                       <  1:737570/46‑1 (MQ=255)                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                    >  1:188249/1‑49 (MQ=255)                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                   <  1:463523/49‑1 (MQ=255)                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                  >  1:1682197/1‑49 (MQ=255)                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                  <  1:53240/49‑1 (MQ=255)                            tttGTGAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                   <  1:1777984/48‑1 (MQ=255)                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                 >  1:345558/1‑48 (MQ=255)                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt                <  1:1289261/48‑1 (MQ=255)                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc              <  1:150326/49‑1 (MQ=255)                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc              >  1:652181/1‑49 (MQ=255)                                  aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa            >  1:994403/1‑49 (MQ=255)                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa            >  1:1981404/1‑47 (MQ=255)                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa          <  1:378231/49‑1 (MQ=255)                                     gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg         >  1:201822/1‑49 (MQ=255)                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt        <  1:1248089/49‑1 (MQ=255)                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa     <  1:341848/49‑1 (MQ=255)                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa     >  1:781219/1‑49 (MQ=255)                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt    <  1:1425023/48‑1 (MQ=255)                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc   <  1:839053/49‑1 (MQ=255)                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc   <  1:1835878/49‑1 (MQ=255)                                            aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg  <  1:1402223/49‑1 (MQ=255)                                            aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg  >  1:332005/1‑49 (MQ=255)                                               |                                              ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG  >  NC_000913/4354869‑4354960

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑