Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	2,406,141	A→G	R167R (CGT→CGC)	lrhA ←	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	2,406,141	0	A	G	100.0%	104.4 / NA	27	R167R (CGT→CGC)	lrhA	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (22/5);  total (22/5)

TTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTT  >  NC_000913/2406095‑2406183                                               |                                           tttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                          >  1:639247/1‑49 (MQ=255)  ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                          <  1:813373/48‑1 (MQ=255)   tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                          >  1:185665/1‑47 (MQ=255)   tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                          >  1:1761005/1‑47 (MQ=255)   tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                          >  1:1439573/1‑47 (MQ=255)     cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg                                      >  1:1770872/1‑49 (MQ=255)      aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                     >  1:1755350/1‑49 (MQ=255)       atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                    >  1:1052283/1‑49 (MQ=255)       atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                    >  1:1169078/1‑49 (MQ=255)        tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                    >  1:1044408/1‑48 (MQ=255)               tCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                            >  1:1803973/1‑49 (MQ=255)               tCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                            >  1:800092/1‑49 (MQ=255)                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                          >  1:153138/1‑48 (MQ=255)                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                          >  1:1155230/1‑48 (MQ=255)                       gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                    >  1:1464237/1‑49 (MQ=255)                       gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                    <  1:165590/49‑1 (MQ=255)                       gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                    >  1:256498/1‑49 (MQ=255)                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                   >  1:868356/1‑48 (MQ=255)                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                   >  1:1062600/1‑48 (MQ=255)                             ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAgg               <  1:813436/48‑1 (MQ=255)                              cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc             >  1:1332770/1‑49 (MQ=255)                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt      >  1:2038458/1‑49 (MQ=255)                                      tGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg     >  1:1806391/1‑49 (MQ=255)                                      tGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg     >  1:1233112/1‑49 (MQ=255)                                       ggCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg    >  1:413737/1‑49 (MQ=255)                                       ggCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg     <  1:107116/48‑1 (MQ=255)                                         cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGtt  <  1:522591/49‑1 (MQ=255)                                               |                                           TTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTT  >  NC_000913/2406095‑2406183

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑