| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 687,860 | Δ1,185 bp | IS5‑mediated | insH‑3 | insH‑3 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 687860 | 689044 | 1185 | 125 [0] | [0] 125 | insH‑3 | insH‑3 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 0 (0.000) | 117 (1.350) | 60/96 | 0.0 | 100% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 0 (0.000) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 1:505483/1‑50 ATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:5196050/1‑50 ATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCC < 1:2902419/49‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 1:5596170/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT < 1:16518/49‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT < 1:3055348/49‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG > 1:4216417/1‑50 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTA < 1:6252766/49‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG < 1:1122369/50‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG < 1:1993017/50‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG < 1:6483029/50‑1 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1:4471538/49‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAA < 1:2384145/49‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:1025343/1‑47 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA < 1:6127725/50‑1 GTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA > 1:6467622/1‑50 GTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA > 1:1404434/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT > 1:6502009/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA < 1:6069648/49‑1 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA < 1:5418411/49‑1 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGAT < 1:1617077/48‑1 TAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATT > 1:5714536/1‑50 AGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG > 1:5893239/1‑50 AGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATT < 1:1322316/49‑1 AGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATT < 1:4390689/49‑1 AGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATT < 1:4168147/49‑1 GGGACGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG < 1:4094912/49‑1 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGC < 1:1805627/50‑1 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGC > 1:777586/1‑50 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGC > 1:6425026/1‑50 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG < 1:6480169/49‑1 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG < 1:2787222/49‑1 GGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCT > 1:4977489/1‑50 GGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCT > 1:4421530/1‑50 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG < 1:5078635/50‑1 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT < 1:5510275/50‑1 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT < 1:4161530/50‑1 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT > 1:3153888/1‑50 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT > 1:2000479/1‑50 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT > 1:82686/1‑50 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT > 1:813623/1‑50 AGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTT > 1:1343095/1‑50 AGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTT < 1:4827879/50‑1 AGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTT < 1:6335622/50‑1 AGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTT < 1:3775900/50‑1 AGGCGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTT > 1:5256787/1‑50 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT > 1:1427529/1‑50 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT > 1:3149650/1‑50 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT > 1:5578220/1‑50 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT < 1:6078404/50‑1 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA > 1:2310861/1‑50 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA > 1:4702253/1‑50 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT < 1:3698317/50‑1 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > 1:3712770/1‑50 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT < 1:1291614/50‑1 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT < 1:5618373/49‑1 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT < 1:6647132/49‑1 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |