| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 149 [0] | [0] 144 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 141 (1.630) | 71/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101347‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:6418167/1‑50TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:2350584/1‑50 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG > 1:4154849/1‑50 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:924153/49‑1 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:5532138/49‑1 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:5935261/49‑1 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT > 1:2992109/1‑50 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT < 1:4376515/50‑1 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT > 1:6409884/1‑50 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG < 1:157926/49‑1 TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 1:3268126/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT > 1:210184/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:4108236/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:2198049/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:1428722/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:2405222/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT < 1:2152123/49‑1 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC < 1:4060943/50‑1 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC < 1:5191853/50‑1 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:6047758/1‑49 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:5730477/1‑49 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:1621052/1‑49 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:5766398/1‑50 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 1:2153609/50‑1 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:5748549/1‑50 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:4436759/1‑49 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA > 1:3083526/1‑50 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA > 1:3329343/1‑50 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA > 1:5673143/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT < 1:328660/50‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:4084273/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:4902085/49‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:1391986/49‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC > 1:4283886/1‑50 AATAGCTTATACATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:3644628/50‑1 ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG < 1:6063290/50‑1 ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC > 1:6279432/1‑49 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:4128113/1‑50 AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:6221695/1‑49 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGTTAT < 1:2265541/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:1949375/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:5484183/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:5093769/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:5167291/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:4146837/48‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:6382098/48‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:59472/48‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT < 1:881803/50‑1 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:2013619/1‑49 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA < 1:3387624/50‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 1:2891108/49‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 1:5014840/50‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 1:2824233/50‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA > 1:1696940/1‑49 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA > 1:3128539/1‑49 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA > 1:821977/1‑49 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGCTATTTCTTAAA > 1:5264108/1‑50 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:623931/1‑50 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:6616969/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATA < 1:5588701/50‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 1:2288632/49‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:4746894/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 1:5264916/49‑1 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT > 1:3408843/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT < 1:478382/49‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:3215389/48‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:5390946/48‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:38977/48‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG < 1:6032462/49‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:2446665/50‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT < 1:3642108/49‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT < 1:1116533/49‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT < 1:3457855/49‑1 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:2585523/1‑49 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA < 1:3478580/50‑1 TACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 1:3481933/1‑49 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATT < 1:3044938/49‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:3139741/48‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:3300812/48‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 1:1269838/50‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT > 1:4330300/1‑50 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATT < 1:3013536/50‑1 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 1:1725015/50‑1 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 1:5107357/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC < 1:2183851/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 1:663962/1‑50 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC < 1:1497241/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 1:4303942/1‑50 TTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA > 1:4110851/1‑50 TTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA > 1:2156529/1‑50 TATATGTCTCCGCATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA < 1:3321764/49‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC > 1:3890067/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC > 1:3492036/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC > 1:5418287/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA < 1:4679978/49‑1 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC < 1:5970469/49‑1 ATATGTCTCCACATGCGATATTGCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC < 1:5461722/49‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT < 1:2075991/49‑1 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:2607140/1‑50 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 1:845376/49‑1 TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101347‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |