| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,270,295 | G→A | noncoding (298/377 nt) | rnpB ← | RNase P catalytic RNA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,270,295 | 0 | G | A | 75.0% | 74.6 / 8.5 | 40 | noncoding (298/377 nt) | rnpB | RNase P catalytic RNA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/6); new base A (30/0); total (34/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
TGCCCCTCCAAAAGCAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTTTTACGTAAATCAGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCAC > NC_000913/3270168‑3270416 | tGCCCCTCCAAAAGCAAAAACCCGCCGAAACGTGTTTTTACGTAAATCCGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAagcag < 1:190641/128‑1 (MQ=255) aGCAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTTTTACGTAAATCAGGTGAAACTGACCGATAACCCGGGTTCTGCAGTGGACAGCCATC‑AATCAAGGCACGA‑AACGGTCCACTGGCT‑AAGAAGCCTCACCgggagtc > 1:226814/1‑125 (MQ=9) aaaaaCCCCCCGATGGGGTGTTTTTGGTAAATCTGTTGAATATGGCCCTAAGGCCGGTTTCTGT‑GTGGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATTCCTCACCGGCCCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTa < 1:464525/129‑1 (MQ=255) aaaaaCCCCCCGAAAGGGGTTTTAACGTAAAAC‑GGGGAAACTGGCCCGTAAGCCCGGGTCTGGCGTTGACAGTCATT‑CCTCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTa < 1:373857/129‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |