| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,270,312 | A→G | noncoding (281/377 nt) | rnpB ← | RNase P catalytic RNA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,270,312 | 0 | A | G | 80.0% | 39.1 / 6.9 | 38 | noncoding (281/377 nt) | rnpB | RNase P catalytic RNA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/6); new base G (28/0); total (32/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
AAAAACCCGCCGAAGCGGGTTTTTACGTAAATCAGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGC > NC_000913/3270183‑3270438 | aaaaaCCCCCCGATGGGGTGTTTTTGGTAAATCTGTTGAATATGGCCCTAAGGCCGGTTTCTGT‑GTGGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATTCCTCACCGGCCCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTa < 1:464525/129‑1 (MQ=255)aaaaaCCCCCCGAAAGGGGTTTTAACGTAAAAC‑GGGGAAACTGGCCCGTAAGCCCGGGTCTGGCGTTGACAGTCATT‑CCTCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTa < 1:373857/129‑1 (MQ=255) ttttACGTAAAGCAGGTGAAACCTACCTATAAGCCGGGTTTTGTCGTTGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAAc < 1:588132/129‑1 (MQ=255) tCAGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCTTCCCCGGGTTCAGTCGGGGCCGACCCTTTTAAACCCCAATTGGGc > 1:239859/1‑129 (MQ=255) 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AAAAACCCGCCGAAGCGGGTTTTTACGTAAATCAGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGC > NC_000913/3270183‑3270438 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |