| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,270,320 | 2 bp→CG | noncoding (272‑273/377 nt) | rnpB ← | RNase P catalytic RNA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,270,320 | 0 | T | C | 79.4% | 40.3 / 6.4 | 38 | noncoding (273/377 nt) | rnpB | RNase P catalytic RNA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base C (27/0); total (32/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.39e-02 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,270,321 | 0 | A | G | 78.4% | 43.8 / 9.0 | 39 | noncoding (272/377 nt) | rnpB | RNase P catalytic RNA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/5); new base G (29/0); total (33/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
TTTTACGTAAATCAGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGG > NC_000913/3270203‑3270448 || ttttACGTAAAGCAGGTGAAACCTACCTATAAGCCGGGTTTTGTCGTTGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAAc < 1:588132/129‑1 (MQ=255) tCAGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCTTCCCCGGGTTCAGTCGGGGCCGACCCTTTTAAACCCCAATTGGGc > 1:239859/1‑129 (MQ=255) gccGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATT‑CCTCTAGGCGTTA‑CGTCACCGCAACGCTCAAGCAACCTACCCGGATCCAACGCGGGCCGTGCC‑AAAGGATCCCTATTTGGTCTTGCCCCAGGTgg > 1:306052/2‑129 (MQ=255) gccGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATT‑CCTCTAGGCGTTA‑CGTCACCGCAACGCTCAAGCAACCTACCCGGATCCAACGCGGGCCGCGCCAAAGGATCCCC‑ATTTGGTCTTGCTCCAGGTgg > 1:333879/2‑129 (MQ=255) 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TTTTACGTAAATCAGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATT‑CATCTAGGCCAGC‑AATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGG > NC_000913/3270203‑3270448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |