| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,746,531 | 2 bp→CC | noncoding (16‑17/77 nt) | valW → | tRNA‑Val |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,746,531 | 0 | T | C | 77.3% | 43.6 / 6.7 | 22 | noncoding (16/77 nt) | valW | tRNA‑Val |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base C (0/17); total (4/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 1,746,532 | 0 | T | C | 77.3% | 44.8 / 5.9 | 22 | noncoding (17/77 nt) | valW | tRNA‑Val |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base C (0/17); total (4/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTAATCTGGTCTTCTCCTTTTTCCCTCTGTTTCTTCTCTGTAT > NC_000913/1746453‑1746642 || gTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTAACATGGTGGGGGTGGTGGGTTCAAGTCCACt > 1:330641/1‑129 (MQ=37) gtggGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCAACTCGGACGCACCAGATTTTCTTat > 1:251449/1‑128 (MQ=255) gtggGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGT‑GGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTaa < 1:283527/128‑1 (MQ=255) gTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGGGGTTCGGGTCACCCCGGACGCCCCGGCTTTTTTTAATCGGGTTTTCCCTTTTTTc > 1:258779/1‑129 (MQ=21) cTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTAATCTGGGCTTCTCCTTTTTCCCTCTGTTTCTTCTCGGTac > 1:486470/1‑128 (MQ=255) atgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCa < 1:292042/58‑1 (MQ=255) atgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCa < 1:309986/58‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGt < 1:265425/55‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGt < 1:306845/55‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGt < 1:309911/55‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTcc < 1:300609/57‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTcc < 1:311387/57‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTcc < 1:325351/57‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTcc < 1:260445/57‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTca < 1:290669/57‑2 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTc < 1:262586/56‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTc < 1:507194/56‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTc < 1:333396/56‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCa < 1:149783/58‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCa < 1:513234/58‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACTCATAATGCTGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCa < 1:304299/58‑1 (MQ=255) tgTAGCTCAGCCGGTTAGAGCACAGCACT‑‑CATGCT‑GGGGTCGGTGGTTCGAGt < 1:282527/52‑1 (MQ=255) || GTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTAATCTGGTCTTCTCCTTTTTCCCTCTGTTTCTTCTCTGTAT > NC_000913/1746453‑1746642 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |