| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 93.1% | 408.1 / 31.2 | 102 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base . (50/45); total (52/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117 | cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:4355281/50‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:4670032/50‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:5461444/50‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:7104037/1‑50 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:172959/1‑50 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:7985049/1‑50 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:4076237/49‑1 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:7898600/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:2941774/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:1406266/49‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:1743942/49‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |