| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,129,397 | Δ11,591 bp | flgN–flgL | flgN, flgM, flgA, flgB, flgC, flgD, flgE, flgF, flgG, flgH, flgI, flgJ, flgK, flgL | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1129397 | 1140987 | 11591 | 95 [0] | [0] 97 | flgN–flgL | flgN,flgM,flgA,flgB,flgC,flgD,flgE,flgF,flgG,flgH,flgI,flgJ,flgK,flgL |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1129396 | 0 (0.000) | 94 (0.860) | 61/98 | 0.0 | 100% | intergenic (+22/+18) | murJ/flgN | putative lipid II flippase MurJ/flagellar biosynthesis protein FlgN |
| ? | NC_000913 | 1140988 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/+194) | flgL/rne | flagellar hook‑filament junction protein 2/ribonuclease E | |||||
CATTTACCGATATGCAGGGATTGTCGCTCTTCCAGCTCAGCAAATAATTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCT > NC_000913/1140940‑1141037 | aagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgt < 1:5170057‑M2/1‑1 (MQ=255) agaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTc > 1:7953859‑M2/48‑50 (MQ=255) agaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTc < 1:7233387‑M2/3‑1 (MQ=255) agaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTc > 1:6792416‑M2/48‑50 (MQ=255) agaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTc < 1:6311558‑M2/3‑1 (MQ=255) atttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCt < 1:2139345‑M2/6‑1 (MQ=255) tttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCtt > 1:962288‑M2/44‑50 (MQ=255) tttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCtt < 1:4801088‑M2/7‑1 (MQ=255) tgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCttt < 1:6341991‑M2/8‑1 (MQ=255) tgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCttt > 1:5920984‑M2/42‑49 (MQ=255) tgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCttt < 1:4298290‑M2/8‑1 (MQ=255) gcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTa > 1:7790510‑M2/41‑49 (MQ=255) gcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTa > 1:6704951‑M2/41‑49 (MQ=255) gcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTa < 1:5888088‑M2/9‑1 (MQ=255) cccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaaa < 1:1183662‑M2/11‑1 (MQ=255) cccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaaa < 1:7803514‑M2/11‑1 (MQ=255) cccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaa > 1:2690853‑M2/40‑49 (MQ=255) ccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaaaa > 1:5165793‑M2/39‑50 (MQ=255) ccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaaaa > 1:8318336‑M2/39‑50 (MQ=255) cgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaaaa > 1:6900751‑M2/38‑49 (MQ=255) cgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAAc < 1:6946391‑M2/13‑1 (MQ=255) cgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAAc < 1:6698610‑M2/13‑1 (MQ=255) cgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAAc < 1:4298965‑M2/13‑1 (MQ=255) gccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACa > 1:3758289‑M2/37‑50 (MQ=255) ccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACat < 1:6939737‑M2/15‑1 (MQ=255) cggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACata > 1:2659559‑M2/35‑50 (MQ=255) cggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACata < 1:2338883‑M2/16‑1 (MQ=255) ggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACatat > 1:1860798‑M2/34‑50 (MQ=255) ggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACatat < 1:4495172‑M2/17‑1 (MQ=255) ggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACatat < 1:4088343‑M2/17‑1 (MQ=255) gacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATc < 1:6953420‑M2/18‑1 (MQ=255) gacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATc < 1:5919651‑M2/18‑1 (MQ=255) gacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATc < 1:3414350‑M2/18‑1 (MQ=255) gacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATc < 1:5523841‑M2/18‑1 (MQ=255) acggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCa < 1:5723838‑M2/19‑1 (MQ=255) acggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCa > 1:5164348‑M2/32‑50 (MQ=255) acggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCa < 1:432917‑M2/19‑1 (MQ=255) acggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCa < 1:3273016‑M2/19‑1 (MQ=255) acggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCa < 1:6554261‑M2/19‑1 (MQ=255) acggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCa > 1:842284‑M2/32‑50 (MQ=255) cggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt > 1:2183088‑M2/31‑50 (MQ=255) cggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt < 1:3142740‑M2/20‑1 (MQ=255) cggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt < 1:4849178‑M2/20‑1 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt > 1:2412447‑M2/30‑49 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt > 1:688319‑M2/30‑49 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt > 1:7035579‑M2/30‑49 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATg < 1:7257696‑M2/21‑1 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATg < 1:5135368‑M2/21‑1 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATg < 1:1800064‑M2/21‑1 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATg < 1:5284553‑M2/21‑1 (MQ=255) gtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATg > 1:6691538‑M2/29‑49 (MQ=255) gtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGa < 1:528008‑M2/22‑1 (MQ=255) gtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGaaa > 1:2188740‑M2/27‑50 (MQ=255) taacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAAc < 1:2865070‑M2/25‑1 (MQ=255) taacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAAc < 1:7506410‑M2/25‑1 (MQ=255) taacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAAc > 1:1750672‑M2/26‑50 (MQ=255) aacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACt > 1:2652777‑M2/25‑50 (MQ=255) aacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACt > 1:7098009‑M2/25‑50 (MQ=255) acaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTg > 1:6378802‑M2/24‑50 (MQ=255) caatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTgg < 1:3925433‑M2/28‑1 (MQ=255) caatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTgg < 1:6324166‑M2/28‑1 (MQ=255) aatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTggg < 1:2911538‑M2/29‑1 (MQ=255) tgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTa < 1:4877698‑M2/31‑1 (MQ=255) tgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTa > 1:3193194‑M2/20‑50 (MQ=255) tgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTa > 1:4734509‑M2/20‑50 (MQ=255) tgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTa > 1:7275334‑M2/20‑50 (MQ=255) cattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTAt < 1:1285195‑M2/32‑1 (MQ=255) cattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTAt < 1:1600545‑M2/32‑1 (MQ=255) cattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTAt < 1:496366‑M2/32‑1 (MQ=255) cattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATg < 1:636417‑M2/33‑1 (MQ=255) cattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATg > 1:6234321‑M2/18‑50 (MQ=255) attccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGt < 1:5201254‑M2/34‑1 (MQ=255) attccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGt > 1:4874815‑M2/17‑50 (MQ=255) attccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGt > 1:2578837‑M2/17‑50 (MQ=255) ttccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGtt < 1:7723004‑M2/35‑1 (MQ=255) tccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGttt > 1:2194509‑M2/15‑50 (MQ=255) ccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGtttt > 1:2764528‑M2/14‑50 (MQ=255) cggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTg < 1:5752641‑M2/38‑1 (MQ=255) cggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTg > 1:6982115‑M2/13‑50 (MQ=255) ggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGt < 1:499047‑M2/39‑1 (MQ=255) cctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTct < 1:754006‑M2/41‑1 (MQ=255) ctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTctg > 1:4005460‑M2/9‑50 (MQ=255) cagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTctgcct > 1:50037‑M2/6‑50 (MQ=255) 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> 1:6671152/1‑50 (MQ=255) ttCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGctct > 1:396183/1‑50 (MQ=255) | CATTTACCGATATGCAGGGATTGTCGCTCTTCCAGCTCAGCAAATAATTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCT > NC_000913/1140940‑1141037 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |