| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,331,790 | 0 | T | G | 36.8% | 133.1 / 30.9 | 68 | V430G (GTT→GGT) | proP | osmolyte:H(+) symporter ProP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/37); new base G (25/0); total (31/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGTTG > NC_000913/4331743‑4331839 | gCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCggt‑ggt < 1:3157045/48‑1 (MQ=255)gCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGt‑ggtt‑g < 1:4585767/50‑1 (MQ=255)gCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGt‑ggtt < 1:4611319/49‑1 (MQ=255) aGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGt‑ggtt‑ggt < 1:6201600/50‑1 (MQ=255) gAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑ggtt‑ggtt < 1:6805740/50‑1 (MQ=255) aaTCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGttt < 1:848287/50‑1 (MQ=255) aaTCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGgtt > 1:1714428/1‑50 (MQ=255) aaTCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGgtt > 1:4569770/1‑50 (MQ=255) tCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGgttta > 1:3066588/1‑48 (MQ=255) tCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGgttt > 1:2593491/1‑48 (MQ=255) tgatgaTGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGGTTTAt > 1:6582824/1‑49 (MQ=38) tgatgaTGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGG‑GGGT‑GGGTTTAt > 1:4037416/1‑49 (MQ=255) tgatgaTGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGC‑GGGT‑GGGTTAAt > 1:2102736/1‑49 (MQ=255) gatgatGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGG‑GGGT‑GGGTTTAtta > 1:7979185/1‑48 (MQ=255) atgatgCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATc < 1:7635109/48‑1 (MQ=255) atgatgCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCa < 1:5659963/49‑1 (MQ=255) atgatgCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCa < 1:3316520/49‑1 (MQ=255) tgatgCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCTcc < 1:625752/50‑1 (MQ=255) tgatgCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCAcc < 1:6170725/50‑1 (MQ=255) tgatgCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCAcc < 1:7948690/50‑1 (MQ=255) tgatgCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATTAcc > 1:8097042/1‑50 (MQ=255) gatgCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATTAccc > 1:6312655/1‑49 (MQ=255) atgCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCg < 1:2540988/49‑1 (MQ=255) atgCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCg < 1:6496902/49‑1 (MQ=255) atgCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGTTTTATTAcccg > 1:549447/1‑48 (MQ=255) tgcctgccTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGc < 1:5310526/50‑1 (MQ=255) tgcctgccTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGc < 1:1098678/50‑1 (MQ=255) tgcctgccTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATTACCCGc > 1:6324863/1‑50 (MQ=255) tgcctgccTATTACCTGATGGTAGTGGCGGG‑GGTTGGGTTTATTAACCgc > 1:6434842/1‑49 (MQ=255) tgcctgccTATTACCTGATGGTAGTGGCGGA‑GGGT‑GGTTTAAACACCCGc > 1:5071272/1‑50 (MQ=255) gcctgcctATTACCTGATGGTAGTGGCGGTGGGTG‑GGTTTATTAACCgcg > 1:8272566/1‑48 (MQ=255) cctgcctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGt < 1:7896071/50‑1 (MQ=255) cctgcctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATTACCcgcg > 1:391127/1‑49 (MQ=255) cctgcctATTACCTGATGGTAGTGGCGGG‑GGGT‑GGGTTTATCACCcgcgg > 1:7596293/1‑49 (MQ=255) ctgcctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTa < 1:505089/50‑1 (MQ=255) ctgcctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTa < 1:3271136/50‑1 (MQ=255) ctgcctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATTACCcgcgg > 1:6952167/1‑48 (MQ=255) ctgcctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATTACCCGCGt > 1:473511/1‑49 (MQ=255) tgcctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTTTCACCCGCGtg > 1:4226545/1‑48 (MQ=25) tgcctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATAACCcgcgga > 1:4048224/1‑47 (MQ=255) cctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTaa < 1:5246243/48‑1 (MQ=255) cctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAAcc < 1:4639958/50‑1 (MQ=255) ctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCa < 1:2340289/50‑1 (MQ=255) ctATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATTACCCGCGGAAcc > 1:7984872/1‑49 (MQ=255) tATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGTTTTATTACCCGCGCGACCac > 1:5048598/1‑49 (MQ=255) ttACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATg < 1:1000309/49‑1 (MQ=255) ttACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATg < 1:3433686/49‑1 (MQ=255) ttACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGa < 1:6299278/50‑1 (MQ=255) ttACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATTAACCGCGGAAACATg > 1:1460438/1‑49 (MQ=255) tACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATTACCCGCGTAACCATGa > 1:4374311/1‑49 (MQ=255) tACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATTACCCGCGGGACCATGa > 1:1596147/1‑49 (MQ=255) aCCTGATGGTAGTGGCGGG‑GGGG‑GGGTTTATTACCCGCGGAAACAAGaa > 1:2069311/1‑49 (MQ=255) ccTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGaaa < 1:4384633/49‑1 (MQ=255) ccTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGaaa < 1:6922664/49‑1 (MQ=255) ccTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAag < 1:4121299/50‑1 (MQ=255) cTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAaga < 1:1795950/50‑1 (MQ=255) tGATGGTAGTGGCGGT‑GGGT‑GGGTTTATTACCGGCGTAAACATGaaa > 1:1057730/1‑47 (MQ=255) aTGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAagag < 1:3397396/48‑1 (MQ=255) aTGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAgaga < 1:3432342/49‑1 (MQ=255) aTGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGAc < 1:3042495/50‑1 (MQ=255) tGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACg < 1:2512309/50‑1 (MQ=255) tGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACg < 1:409694/50‑1 (MQ=255) gTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGc < 1:2831144/50‑1 (MQ=255) gTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCaaa < 1:7883255/50‑1 (MQ=255) gTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCaaa < 1:2217679/50‑1 (MQ=255) gTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCaa < 1:7938983/49‑1 (MQ=255) tGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAAt > 1:5004222/1‑50 (MQ=255) gCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATc < 1:4927330/49‑1 (MQ=255) gCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATc < 1:5226935/49‑1 (MQ=255) gCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCg > 1:1934105/1‑50 (MQ=255) gCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCg < 1:4915760/50‑1 (MQ=255) cGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGt > 1:7271887/1‑50 (MQ=255) ggt‑ggtT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTc > 1:5113189/1‑50 (MQ=255) ggt‑ggtT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTc > 1:1350329/1‑50 (MQ=255) ggt‑ggtT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTc > 1:8134054/1‑50 (MQ=255) ggt‑ggtT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTc < 1:7205602/50‑1 (MQ=255) ggt‑ggtT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTc > 1:821634/1‑50 (MQ=255) gt‑ggtT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTcc < 1:3107404/50‑1 (MQ=255) gt‑ggtT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTcc < 1:7229390/50‑1 (MQ=255) gt‑ggtT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTcc > 1:8050829/1‑50 (MQ=255) gt‑ggtT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTcc > 1:2290777/1‑50 (MQ=255) t‑ggtt‑ggtTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCg > 1:3133385/1‑50 (MQ=255) t‑ggtt‑ggtTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCg < 1:4834398/50‑1 (MQ=255) t‑ggtt‑ggtTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCg < 1:7467358/50‑1 (MQ=255) t‑ggtt‑ggtTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCg < 1:1689821/50‑1 (MQ=255) ggtt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGt > 1:3391086/1‑50 (MQ=255) ggtt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGt > 1:6123414/1‑50 (MQ=255) gtt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGtt < 1:6501560/50‑1 (MQ=255) gtt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGtt < 1:5030045/50‑1 (MQ=255) gtt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGtt > 1:5314120/1‑50 (MQ=255) gtt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGtt > 1:3792777/1‑50 (MQ=255) gtt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGtt > 1:2760617/1‑50 (MQ=255) gtt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGt < 1:3116096/49‑1 (MQ=255) gtt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGt < 1:114034/49‑1 (MQ=255) gtt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGGCCGtt < 1:769840/50‑1 (MQ=255) tt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGtt > 1:5768309/1‑49 (MQ=255) tt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGtt > 1:3237714/1‑49 (MQ=255) tt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGtt > 1:1221797/1‑49 (MQ=255) tt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGTTg < 1:567708/50‑1 (MQ=255) tt‑ggttTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGTTg < 1:242006/50‑1 (MQ=255) | GCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGT‑GGTT‑GGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGTTG > NC_000913/4331743‑4331839 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |