| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,684,749 | 0 | A | C | 25.6% | 206.5 / 13.7 | 78 | D164A (GAC→GCC) | tus | DNA replication terminus site‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/18); new base C (0/20); total (40/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAT > NC_000913/1684700‑1684798 | ccGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGa > 1:4875004/1‑50 (MQ=255) cGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAc < 1:7788277/50‑1 (MQ=255) cGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAc < 1:226861/50‑1 (MQ=255) ggggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAcc < 1:6445995/50‑1 (MQ=255) gggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAccc < 1:7495754/50‑1 (MQ=255) gggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAccc > 1:110901/1‑50 (MQ=255) gggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAccc > 1:6174157/1‑50 (MQ=255) gggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAccc < 1:337666/50‑1 (MQ=255) ggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAcccc > 1:4318547/1‑50 (MQ=255) ggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAcccc > 1:6900063/1‑50 (MQ=255) ggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAcccc < 1:6707267/50‑1 (MQ=255) gCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCg < 1:7799530/50‑1 (MQ=255) cTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGc > 1:2550656/1‑50 (MQ=255) cTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGc < 1:3779861/50‑1 (MQ=255) cTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGc > 1:6851329/1‑50 (MQ=255) cTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGc < 1:1553614/50‑1 (MQ=255) tGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGc > 1:2914708/1‑49 (MQ=255) gATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCa > 1:8003757/1‑50 (MQ=255) aTCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGcc < 1:2009892/48‑1 (MQ=255) aTCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCAc > 1:2410103/1‑50 (MQ=255) aTCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCAc > 1:4319940/1‑50 (MQ=255) aTCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCAc > 1:8004492/1‑50 (MQ=255) aCCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACtt > 1:6626770/1‑49 (MQ=255) aCCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACtt > 1:562339/1‑49 (MQ=255) aCCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACtt > 1:3580193/1‑49 (MQ=255) aCCCTTAATCCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACtt > 1:5911138/1‑49 (MQ=255) ccTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTAc > 1:5940290/1‑50 (MQ=255) ccTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTAc > 1:1728066/1‑50 (MQ=255) cTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACg > 1:1847843/1‑50 (MQ=255) tAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCt > 1:327371/1‑50 (MQ=255) aaTGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCtt > 1:6587490/1‑50 (MQ=255) aTGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCttt > 1:3745005/1‑50 (MQ=255) cTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTttggt > 1:7304572/1‑50 (MQ=255) ttACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTttggtt > 1:2446467/1‑50 (MQ=255) tcccgcccgcCCCCCTTTCGGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTttggtt < 1:7328476/47‑1 (MQ=255) tACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTttggttg > 1:1976562/1‑50 (MQ=255) aCCGCACACTCTCCCTTCCGTCCGACCCCGCCACTTTACGCTttggttg < 1:6168367/49‑1 (MQ=255) ccgcccgcTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTggg < 1:1845107/50‑1 (MQ=255) ccGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTggg > 1:846198/1‑50 (MQ=255) cGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGc > 1:7585652/1‑50 (MQ=255) cGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGc > 1:6151820/1‑50 (MQ=255) gCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGc > 1:1546674/1‑49 (MQ=255) gCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGc > 1:2517590/1‑49 (MQ=255) cACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCt > 1:1019548/1‑49 (MQ=255) ccGCTCACCTTTCTGCCCGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaa < 1:6088832/49‑1 (MQ=255) aCGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaa > 1:6009719/1‑50 (MQ=255) cGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat < 1:3118572/50‑1 (MQ=255) cGCTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat < 1:8311739/50‑1 (MQ=255) cGCCCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat < 1:4506358/50‑1 (MQ=255) gCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat > 1:3751495/1‑49 (MQ=255) gCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat > 1:1314958/1‑49 (MQ=255) cTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaata > 1:5166551/1‑49 (MQ=255) ccccGTTCTGCACCCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAAc < 1:5315899/48‑1 (MQ=255) ccccGTTCTCCACCCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAAc < 1:5334830/48‑1 (MQ=255) cACCGATCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATaaa > 1:6854708/1‑49 (MQ=255) cccGTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATaaa < 1:3536821/47‑1 (MQ=38) aCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATaaa < 1:2457250/48‑1 (MQ=255) cggTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACat < 1:7291331/48‑1 (MQ=255) ccGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACat < 1:945591/50‑1 (MQ=255) ccGTTCTGCACGA‑CCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACata < 1:2172008/50‑1 (MQ=255) cGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACata > 1:2542618/1‑50 (MQ=255) cGTTCTGCACGAACCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACata > 1:7151972/1‑50 (MQ=255) gTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACatat < 1:1516499/50‑1 (MQ=255) gTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACatat > 1:7616018/1‑50 (MQ=255) gTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACatat > 1:4037737/1‑50 (MQ=255) ttCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATc < 1:5701572/50‑1 (MQ=255) tCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATc < 1:7463673/49‑1 (MQ=255) tCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCa > 1:7718532/1‑50 (MQ=255) cTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCa < 1:2050421/49‑1 (MQ=255) cTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAt < 1:5252850/50‑1 (MQ=255) ggCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAt < 1:5110324/48‑1 (MQ=255) cACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAt < 1:5864476/47‑1 (MQ=255) cACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAt < 1:2923872/47‑1 (MQ=255) cACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAt < 1:1103203/47‑1 (MQ=255) cACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTa < 1:4919970/49‑1 (MQ=255) aCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAg < 1:745087/50‑1 (MQ=255) aCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAg < 1:7872385/50‑1 (MQ=255) aCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAg < 1:2447321/50‑1 (MQ=255) caaCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGa < 1:6132850/48‑1 (MQ=255) gACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGaa < 1:4950054/50‑1 (MQ=255) aCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAt < 1:4280497/50‑1 (MQ=255) aCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAt < 1:333580/50‑1 (MQ=255) | CCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAT > NC_000913/1684700‑1684798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |