BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	615.3 / NA	146	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (75/71); total (75/71)

Only 100 of 150 total aligned reads displayed.

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                              <  1:3434828/50‑1 (MQ=255)

 aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                             <  1:7158495/50‑1 (MQ=255)

 aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                             <  1:452356/50‑1 (MQ=255)

   ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  1:7895348/1‑50 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          <  1:6604148/50‑1 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  1:7608453/1‑49 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           <  1:384490/49‑1 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  1:6414528/1‑49 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           <  1:6180447/49‑1 (MQ=255)

     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          >  1:3169320/1‑49 (MQ=255)

     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          >  1:3282087/1‑49 (MQ=255)

     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          >  1:4015312/1‑49 (MQ=255)

     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          >  1:5242185/1‑49 (MQ=255)

     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa                                         <  1:4906825/50‑1 (MQ=255)

     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa                                         <  1:5137732/50‑1 (MQ=255)

      ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        >  1:7233745/1‑50 (MQ=255)

       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       >  1:4215726/1‑50 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:7585331/50‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:965488/50‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:1430952/1‑49 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:40092/1‑49 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:3287746/1‑49 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:2963761/1‑50 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:3216741/1‑50 (MQ=255)

            gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:1976241/1‑50 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:1059033/1‑49 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:3951390/49‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:78561/49‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:4685729/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:4814885/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:1767115/1‑50 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:1498282/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:1456786/1‑50 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:6760736/50‑1 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               <  1:1043991/48‑1 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               <  1:2821284/48‑1 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:8086548/49‑1 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:7395387/49‑1 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             <  1:7476149/49‑1 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            <  1:3643873/50‑1 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:8140713/1‑49 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:2572345/49‑1 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:847313/1‑49 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:357186/49‑1 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:4330360/1‑49 (MQ=255)

                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa                         <  1:3510814/50‑1 (MQ=255)

                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa                          <  1:8201538/49‑1 (MQ=255)

                      tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        >  1:5034218/1‑50 (MQ=255)

                      tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        >  1:388110/1‑50 (MQ=255)

                       ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       >  1:2795520/1‑50 (MQ=255)

                       ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       >  1:1511965/1‑50 (MQ=255)

                         cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     >  1:1599683/1‑50 (MQ=255)

                         cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     >  1:1355802/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:3038040/47‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      <  1:5924608/48‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:5303262/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:4548851/49‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:4445065/49‑1 (MQ=255)

                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:319721/50‑1 (MQ=255)

                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:7447420/50‑1 (MQ=255)

                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:6430219/50‑1 (MQ=255)

                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:4238323/1‑50 (MQ=255)

                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:5616779/1‑50 (MQ=255)

                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:5486470/50‑1 (MQ=255)

                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:300233/1‑50 (MQ=255)

                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:6296731/1‑50 (MQ=255)

                             ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:1338628/1‑49 (MQ=255)

                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                >  1:6034822/1‑50 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:4254072/49‑1 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:6218961/49‑1 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:5824343/1‑50 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:1387248/1‑49 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:7484729/1‑49 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg              <  1:4519189/50‑1 (MQ=255)

                                 tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:3661596/1‑50 (MQ=255)

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                                 tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:4149437/1‑50 (MQ=255)

                                 tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:806548/1‑50 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:2286793/1‑48 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  1:1673415/49‑1 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  1:12823/50‑1 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  1:6637392/50‑1 (MQ=255)

                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  1:2531667/1‑50 (MQ=255)

                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          <  1:6270493/50‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  1:7207283/50‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:4419354/1‑49 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         <  1:6284822/49‑1 (MQ=255)

                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:1111139/1‑49 (MQ=255)

                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:5357248/1‑49 (MQ=255)

                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:5370135/1‑49 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  1:792067/1‑50 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      <  1:3743813/49‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:2480617/50‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:6774872/50‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:134503/50‑1 (MQ=255)

                                          aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    >  1:2064902/1‑50 (MQ=255)

                                          aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    >  1:3759650/1‑50 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  1:349136/49‑1 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  1:7340662/49‑1 (MQ=255)

                                            aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  >  1:7952352/1‑50 (MQ=255)

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 34 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`