| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 94.2% | 696.0 / 51.7 | 173 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/5); new base . (80/82); total (86/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117 | gCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt > 1:108920/1‑50 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:354417/50‑1 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:7403950/50‑1 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:4497747/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:6283338/49‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:1873097/49‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:5839128/48‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:5575203/48‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:2040287/48‑1 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:6899409/50‑2 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:2503666/49‑1 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt > 1:1454415/1‑49 (MQ=255) ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:3778367/1‑49 (MQ=255) ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:2183956/1‑49 (MQ=255) ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:6540254/1‑49 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:5930749/49‑2 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:2583084/49‑2 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:7648773/1‑50 (MQ=255) gagaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:6237343/1‑49 (MQ=39) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:7854613/48‑1 (MQ=39) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:509650/48‑1 (MQ=39) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:6482925/48‑1 (MQ=39) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:4999738/49‑1 (MQ=39) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:6696771/49‑1 (MQ=39) 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(MQ=39) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:6438436/50‑1 (MQ=255) aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:1101424/1‑49 (MQ=39) aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:7598762/1‑49 (MQ=39) aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:7528058/1‑49 (MQ=39) aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:5739677/1‑49 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:3986991/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:8258419/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:4461607/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:3283432/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 1:1369566/1‑50 (MQ=255) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:2115729/50‑1 (MQ=255) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 1:5995184/1‑50 (MQ=255) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:2373046/50‑1 (MQ=255) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:3945440/1‑50 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:611908/50‑1 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:7964937/49‑1 (MQ=39) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:7100180/49‑1 (MQ=39) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:6254514/1‑50 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:4260783/1‑50 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:6694647/1‑50 (MQ=255) gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:6644550/1‑50 (MQ=255) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:3265750/1‑49 (MQ=39) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:120503/1‑49 (MQ=39) tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:1531317/1‑50 (MQ=255) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:6724959/49‑1 (MQ=39) cACTAGAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:6601219/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:3153492/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:1795205/49‑1 (MQ=39) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:5027125/50‑1 (MQ=255) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:3381394/1‑50 (MQ=255) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:4190704/50‑1 (MQ=255) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:2480678/50‑1 (MQ=255) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:505578/1‑50 (MQ=255) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:5335749/50‑1 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:920487/1‑50 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:7351240/1‑50 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:7258069/1‑50 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:562417/50‑1 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:5427117/50‑1 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:2953735/50‑1 (MQ=255) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:2857947/48‑1 (MQ=39) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt < 1:243959/49‑1 (MQ=39) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:7994952/1‑50 (MQ=255) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:6822206/1‑50 (MQ=255) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg < 1:1391785/50‑1 (MQ=255) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:832029/1‑50 (MQ=255) aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:4171065/1‑49 (MQ=39) aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:3894446/1‑49 (MQ=39) aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:4850003/1‑48 (MQ=39) aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga < 1:807860/50‑1 (MQ=255) aGATGTTTATAT‑ATTGTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1755573/1‑48 (MQ=37) 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GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |