BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	739.9 / NA	191	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (94/97); total (94/97)

Only 100 of 192 total aligned reads displayed.

ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354869‑4354961

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       aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:2319784/1‑50 (MQ=255)

       aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:7880253/1‑50 (MQ=255)

       aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       <  1:4411071/49‑1 (MQ=255)

        aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:4554472/1‑49 (MQ=255)

        aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      <  1:1311435/49‑1 (MQ=255)

        aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:4227665/1‑49 (MQ=255)

        aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:2469656/1‑49 (MQ=255)

        aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:7549629/1‑49 (MQ=255)

        aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      <  1:6269016/49‑1 (MQ=255)

         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  1:2390790/50‑1 (MQ=255)

         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  1:5133458/50‑1 (MQ=255)

          tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   >  1:692232/1‑50 (MQ=255)

          tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   >  1:7016108/1‑50 (MQ=255)

          tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:6096491/50‑1 (MQ=255)

          tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:901380/50‑1 (MQ=255)

            aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:4687604/49‑1 (MQ=255)

            aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:4049474/1‑49 (MQ=255)

            aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:736202/49‑1 (MQ=255)

            aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:1073060/49‑1 (MQ=255)

            aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:2117896/50‑1 (MQ=255)

             cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:8095923/1‑50 (MQ=255)

              ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:1087694/1‑49 (MQ=255)

              ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:1453003/1‑49 (MQ=255)

                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               <  1:2700198/48‑1 (MQ=255)

                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             >  1:7213091/1‑50 (MQ=255)

                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             >  1:4277058/1‑50 (MQ=255)

                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             >  1:2225386/1‑50 (MQ=255)

                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:4373183/49‑1 (MQ=255)

                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:7295854/49‑1 (MQ=255)

                 ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             <  1:6558727/49‑1 (MQ=255)

                  taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:5302307/1‑49 (MQ=255)

                  taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:330233/1‑49 (MQ=255)

                  taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:1535222/1‑49 (MQ=255)

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                   aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:6253651/49‑1 (MQ=255)

                   aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:448245/1‑49 (MQ=255)

                   aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:8284386/49‑1 (MQ=255)

                    aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa                         <  1:5973717/50‑1 (MQ=255)

                    aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa                          <  1:642160/49‑1 (MQ=255)

                    aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa                          <  1:393475/49‑1 (MQ=255)

                      ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       >  1:1903989/1‑50 (MQ=255)

                      ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       >  1:8129847/1‑50 (MQ=255)

                       tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      >  1:4317763/1‑50 (MQ=255)

                       tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      >  1:2377780/1‑50 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:2918823/47‑1 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        <  1:3157726/46‑1 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        <  1:5457485/46‑1 (MQ=255)

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                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      <  1:4089282/48‑1 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      <  1:4972980/48‑1 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:6825824/1‑50 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:2115610/49‑1 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:5272159/49‑1 (MQ=255)

                          aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:2028092/1‑50 (MQ=255)

                          aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:3555687/1‑50 (MQ=255)

                          aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:4601637/50‑1 (MQ=255)

                           gttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  <  1:5186531/49‑1 (MQ=255)

                            ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:3812483/1‑49 (MQ=255)

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                             tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt                 <  1:6032451/49‑1 (MQ=255)

                             tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                >  1:5475149/1‑50 (MQ=255)

                              gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:5799733/49‑1 (MQ=255)

                              gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:2238689/49‑1 (MQ=255)

                               ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               <  1:4957535/49‑1 (MQ=255)

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                               ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg              <  1:5527229/50‑1 (MQ=255)

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                                 aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:1574857/1‑49 (MQ=255)

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                                 aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:5641907/1‑49 (MQ=255)

                                 aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             <  1:5237055/49‑1 (MQ=255)

                                  gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  1:7951709/49‑1 (MQ=255)

                                  gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  1:1205965/49‑1 (MQ=255)

                                   tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          <  1:6015051/50‑1 (MQ=255)

                                     ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  1:6642146/50‑1 (MQ=255)

                                     ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  1:2845080/50‑1 (MQ=255)

                                     ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:1955956/1‑49 (MQ=255)

                                     ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:1125380/1‑49 (MQ=255)

                                     ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         <  1:6768143/49‑1 (MQ=255)

                                     ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:5987770/1‑49 (MQ=255)

                                        taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:7118204/50‑1 (MQ=255)

                                        taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:6501091/50‑1 (MQ=255)

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                                        taAACTAAAAGGTAATTTATTAATGAAGAATTGTGGTGAAGACAGTTAAt     <  1:8247939/50‑1 (MQ=255)

                                          aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  1:6369927/49‑1 (MQ=255)

                                           aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  >  1:3639478/1‑50 (MQ=255)

                                           aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  >  1:4267661/1‑50 (MQ=255)

                                           aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  <  1:1815083/50‑1 (MQ=255)

                                           aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  >  1:4840189/1‑50 (MQ=255)

ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354869‑4354961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 29 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`