BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	526.2 / NA	138	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (64/74); total (64/74)

Only 100 of 140 total aligned reads displayed.

ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354869‑4354961

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aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                             <  1:3351796/50‑1 (MQ=255)

    tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          >  1:6982303/1‑49 (MQ=255)

    tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa                                         <  1:4423606/50‑1 (MQ=255)

    tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa                                         <  1:5221326/50‑1 (MQ=255)

      tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        <  1:1209784/49‑1 (MQ=255)

      tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        <  1:6112743/49‑1 (MQ=255)

       aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:5407684/1‑50 (MQ=255)

       aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:4915953/1‑50 (MQ=255)

       aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:1776265/1‑50 (MQ=255)

        aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      <  1:2028631/49‑1 (MQ=255)

        aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:3484732/1‑49 (MQ=255)

        aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      <  1:1184830/49‑1 (MQ=255)

        aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      <  1:285925/49‑1 (MQ=255)

         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  1:5788027/50‑1 (MQ=255)

         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:540011/1‑50 (MQ=255)

         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:6154457/1‑50 (MQ=255)

         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  1:1331683/50‑1 (MQ=255)

         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:6836476/1‑50 (MQ=255)

         aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  1:2888284/50‑1 (MQ=255)

          tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:6266342/50‑1 (MQ=255)

          tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:6346569/50‑1 (MQ=255)

           gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:4407561/1‑50 (MQ=255)

            aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:5475234/49‑1 (MQ=255)

            aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:851367/49‑1 (MQ=255)

            aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:3519152/50‑1 (MQ=255)

             cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:741470/50‑1 (MQ=255)

             cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:1160332/50‑1 (MQ=255)

             cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:4254693/1‑50 (MQ=255)

              ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTCTTCa                                >  1:239944/1‑49 (MQ=255)

              ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:3213628/1‑49 (MQ=255)

               tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               >  1:6029703/1‑49 (MQ=255)

               tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               >  1:850413/1‑49 (MQ=255)

                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               <  1:7494530/48‑1 (MQ=255)

                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               <  1:3630739/48‑1 (MQ=255)

                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               <  1:2200915/48‑1 (MQ=255)

                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:480458/49‑1 (MQ=255)

                attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:264751/49‑1 (MQ=255)

                 ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             <  1:3779270/49‑1 (MQ=255)

                  taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:1539949/1‑49 (MQ=255)

                   aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:1385189/1‑49 (MQ=255)

                   aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:5576644/1‑49 (MQ=255)

                   aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:1757225/1‑49 (MQ=255)

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                   aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:5227829/1‑49 (MQ=255)

                   aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:4556100/1‑49 (MQ=255)

                   aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:3215417/49‑1 (MQ=255)

                   aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:7484061/1‑49 (MQ=255)

                    aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa                         >  1:4121528/1‑50 (MQ=255)

                    aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa                          <  1:4080708/49‑1 (MQ=255)

                     tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        >  1:6625393/1‑50 (MQ=255)

                     tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        >  1:720343/1‑50 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:7288739/47‑1 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      <  1:1571918/48‑1 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      <  1:1581369/48‑1 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:3470051/1‑50 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:7419824/1‑50 (MQ=255)

                         gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:4523961/49‑1 (MQ=255)

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                          ctttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:6597805/2‑50 (MQ=255)

                          aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:7200246/50‑1 (MQ=255)

                          aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:751827/50‑1 (MQ=255)

                          aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:6129026/1‑50 (MQ=255)

                          aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:1693403/50‑1 (MQ=255)

                          aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:487032/50‑1 (MQ=255)

                          aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:4754188/1‑50 (MQ=255)

                           tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  <  1:556960/50‑1 (MQ=255)

                            ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:5047503/1‑49 (MQ=255)

                              gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:2409868/1‑50 (MQ=255)

                               ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               <  1:3900329/49‑1 (MQ=255)

                               ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg              <  1:5949373/50‑1 (MQ=255)

                                tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:1905275/1‑50 (MQ=255)

                                 aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             <  1:5183979/49‑1 (MQ=255)

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                                 aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:6244425/1‑49 (MQ=255)

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                                  gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  1:3557933/49‑1 (MQ=255)

                                  gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  1:7222363/49‑1 (MQ=255)

                                  gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  1:2633964/50‑1 (MQ=255)

                                  gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  1:6249594/50‑1 (MQ=255)

                                  gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  1:6965369/50‑1 (MQ=255)

                                  gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTAATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  1:188467/49‑1 (MQ=38)

                                   tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          <  1:5809213/50‑1 (MQ=255)

                                     ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  1:2902872/50‑1 (MQ=255)

                                     ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         <  1:1553687/49‑1 (MQ=255)

                                      tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:4232934/1‑49 (MQ=255)

                                      tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:6303128/1‑49 (MQ=255)

                                       ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  1:3430672/1‑50 (MQ=255)

                                       ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa       <  1:3027067/49‑1 (MQ=255)

                                       ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa       <  1:398193/49‑1 (MQ=255)

                                       ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa       <  1:7299188/49‑1 (MQ=255)

                                         aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    >  1:3079606/1‑50 (MQ=255)

                                          aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  1:3697359/49‑1 (MQ=255)

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                                          aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   <  1:3222144/50‑1 (MQ=255)

                                          aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   >  1:1472043/1‑50 (MQ=255)

                                          aaCTAAAAGTAAATTTAGTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   <  1:1324749/50‑1 (MQ=255)

                                           aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  >  1:3656177/1‑50 (MQ=255)

                                           aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  >  1:7110994/1‑50 (MQ=255)

                                           aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  <  1:6438288/50‑1 (MQ=255)

ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354869‑4354961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`