| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 97.5% | 364.0 / 4.9 | 81 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base . (42/37); total (43/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 | |||||||||||
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117 | cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:2555834/50‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:3601689/1‑50 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:1932307/1‑50 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:4197791/50‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:5461185/49‑1 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:2902529/1‑50 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:3349311/1‑50 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:2115837/1‑50 (MQ=255) ataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:5337109/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:2738271/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:5626481/48‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cACTAAAAGGTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc < 1:3204886/50‑1 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc < 1:404449/50‑1 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:594996/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc < 1:2256421/50‑1 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:3444330/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:4630691/49‑1 (MQ=39) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:5672685/1‑50 (MQ=255) tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:1957524/1‑50 (MQ=255) aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATTTCGt > 1:5598913/1‑50 (MQ=255) aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt > 1:3495415/1‑50 (MQ=255) aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt > 1:1423335/1‑50 (MQ=255) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:6550922/48‑1 (MQ=39) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |