| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,994,992 | Δ3,877 bp | [ygeL]–ygeQ | [ygeL], ygeN, ygeO, insD‑4, insC‑4, ygeP, ygeQ | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2994992 | 2998868 | 3877 | 98 [0] | [0] 99 | [ygeL]–ygeQ | [ygeL],ygeN,ygeO,insD‑4,insC‑4,ygeP,ygeQ |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2994991 | 0 (0.000) | 98 (1.150) | 59/94 | 0.0 | 100% | pseudogene (102/156 nt) | ygeL | protein YgeL |
| ? | NC_000913 | 2998869 = | 0 (0.000) | intergenic (‑41/+115) | ygeQ/glyU | protein YgeQ/tRNA‑Gly | |||||
CCCTTTCATAAAATATTCCATCAATCGTTTGTTAAAAGCGTAGATAACCACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACAA > NC_000913/2998820‑2998916 | tgtagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagccca > 1:2618995‑M2/50‑50 (MQ=255)tgtagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagccca > 1:1818289‑M2/50‑50 (MQ=255)tgtagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagccca > 1:4895537‑M2/50‑50 (MQ=255) gtagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccAc > 1:2572452‑M2/49‑50 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagccca < 1:1638912‑M2/1‑1 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccAc < 1:6686827‑M2/2‑1 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccAc < 1:2143409‑M2/2‑1 (MQ=255) agatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACt > 1:4992472‑M2/47‑49 (MQ=255) gatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTa < 1:5637458‑M2/5‑1 (MQ=255) atttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAt > 1:4530615‑M2/45‑50 (MQ=255) tttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAtt < 1:3567861‑M2/7‑1 (MQ=255) tgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAttt < 1:2958137‑M2/8‑1 (MQ=255) gttaccctccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaa > 1:4317569‑M2/41‑50 (MQ=255) gttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaa > 1:590700‑M2/41‑50 (MQ=255) gttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaa > 1:513520‑M2/41‑50 (MQ=255) gttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTa < 1:6516102‑M2/9‑1 (MQ=255) gttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTa < 1:196848‑M2/9‑1 (MQ=255) ttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaac < 1:4632072‑M2/11‑1 (MQ=255) ttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaa < 1:773120‑M2/10‑1 (MQ=255) ttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaa < 1:1330506‑M2/10‑1 (MQ=255) tacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaac > 1:2683936‑M2/39‑49 (MQ=255) tacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaac > 1:443548‑M2/39‑49 (MQ=255) tacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaac > 1:3354943‑M2/39‑49 (MQ=255) acactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaaca < 1:4336393‑M2/12‑1 (MQ=255) acactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaaca < 1:869587‑M2/12‑1 (MQ=255) acactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaaca < 1:4024278‑M2/12‑1 (MQ=255) cactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaacaac < 1:2201798‑M2/14‑1 (MQ=255) cactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaacaac < 1:2978259‑M2/14‑1 (MQ=255) cactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaacaa < 1:6602257‑M2/13‑1 (MQ=255) actccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACt > 1:2143862‑M2/36‑50 (MQ=255) ctccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt < 1:549334‑M2/16‑1 (MQ=255) tccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt > 1:5998885‑M2/34‑49 (MQ=255) tccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt > 1:3449235‑M2/34‑49 (MQ=255) ccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTg > 1:1599598‑M2/33‑49 (MQ=255) ccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTg > 1:1302429‑M2/33‑49 (MQ=255) cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTg < 1:1829285‑M2/17‑1 (MQ=255) cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaa < 1:4078828‑M2/19‑1 (MQ=255) cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGa < 1:6430635‑M2/18‑1 (MQ=255) cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGa > 1:4404009‑M2/32‑49 (MQ=255) gctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaaa < 1:4569776‑M2/20‑1 (MQ=255) gctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaa > 1:4905800‑M2/31‑49 (MQ=255) gctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaa > 1:1218031‑M2/31‑49 (MQ=255) gctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaa > 1:3899434‑M2/31‑49 (MQ=255) atagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAAt > 1:561529‑M2/28‑49 (MQ=255) tagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAAt > 1:1066204‑M2/27‑48 (MQ=255) tagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATaa < 1:3348917‑M2/24‑1 (MQ=255) ctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgt < 1:5525329‑M2/27‑1 (MQ=255) ctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgt > 1:5011882‑M2/24‑50 (MQ=255) ctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgt < 1:2188140‑M2/27‑1 (MQ=255) ctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgt < 1:2269875‑M2/27‑1 (MQ=255) tttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgtg > 1:5348809‑M2/23‑50 (MQ=255) tcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgtgt < 1:1730868‑M2/29‑1 (MQ=255) tcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgtg < 1:4244392‑M2/28‑1 (MQ=255) tcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgtg < 1:4424056‑M2/28‑1 (MQ=255) tcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtt > 1:5365536‑M2/21‑50 (MQ=255) cttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGttt > 1:2081943‑M2/20‑50 (MQ=255) cttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGttt > 1:1504199‑M2/20‑50 (MQ=255) cttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGttt > 1:6344500‑M2/20‑50 (MQ=255) cttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGttt > 1:364052‑M2/20‑50 (MQ=255) cttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtt < 1:3359735‑M2/30‑1 (MQ=255) cttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtt < 1:63890‑M2/30‑1 (MQ=255) tcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTa > 1:5654968‑M2/18‑50 (MQ=255) tcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTa > 1:4202360‑M2/18‑50 (MQ=255) cagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTa < 1:4421920‑M2/33‑1 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAc < 1:1845567‑M2/34‑1 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAc < 1:2925934‑M2/34‑1 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAc < 1:3246727‑M2/34‑1 (MQ=255) gatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCt > 1:6319000‑M2/15‑50 (MQ=255) gatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCt < 1:3284179‑M2/36‑1 (MQ=255) tctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTgg > 1:4884082‑M2/13‑50 (MQ=255) tttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt > 1:1508139‑M2/11‑50 (MQ=255) tttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt > 1:5657880‑M2/11‑50 (MQ=255) tttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt > 1:6637235‑M2/11‑50 (MQ=255) tttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt > 1:2277986‑M2/11‑50 (MQ=255) tttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt > 1:2286225‑M2/11‑50 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtttt < 1:58574‑M2/32‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGttt < 1:1877724‑M2/31‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGttt < 1:466928‑M2/31‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTgg < 1:5270635‑M2/38‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTgg < 1:6134379‑M2/38‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTg < 1:2483980‑M2/37‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTg < 1:4493461‑M2/37‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttg > 1:435545‑M2/9‑50 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgtt < 1:3025939‑M2/41‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgtt < 1:1355570‑M2/41‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgtt < 1:3227249‑M2/41‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTCGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttg > 1:5765820‑M2/9‑50 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACGTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgtt < 1:4464730‑M2/41‑1 (MQ=255) tataacccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtttt < 1:6248083‑M2/32‑1 (MQ=255) atagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttgt > 1:3065156‑M2/8‑50 (MQ=255) tagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttgtt < 1:5218770‑M2/44‑1 (MQ=255) tagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttgt > 1:3997883‑M2/7‑49 (MQ=255) tagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttgt < 1:2100523‑M2/43‑1 (MQ=255) agcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTa > 1:344442‑M2/6‑50 (MQ=255) gcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTa > 1:1375827‑M2/5‑49 (MQ=255) gcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTAc < 1:459269‑M2/46‑1 (MQ=255) gcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTAc < 1:1117392‑M2/46‑1 (MQ=255) cccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACa < 1:1283527‑M2/47‑1 (MQ=255) aCTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACaa > 1:3891628/1‑48 (MQ=255) | CCCTTTCATAAAATATTCCATCAATCGTTTGTTAAAAGCGTAGATAACCACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACAA > NC_000913/2998820‑2998916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |