| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,776,250 | 0 | G | T | 24.6% | 199.9 / 14.9 | 65 | V222L (GTG→TTG) | ydiF | putative acetate‑CoA transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/32); new base T (16/0); total (33/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAA > NC_000913/1776205‑1776300 | gACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATtgtg < 1:5488207/48‑1 (MQ=255)gACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATtgt < 1:1378976/47‑1 (MQ=255)gACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGtgat > 1:844484/1‑50 (MQ=255) aCGCATTGGTTATTGTCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGCTTTTtgat > 1:5942258/1‑49 (MQ=255) aCGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGtgatg < 1:480873/50‑1 (MQ=255) gCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTgttgat > 1:2127346/1‑50 (MQ=255) gCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTggtgat > 1:747067/1‑50 (MQ=255) gCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTgatgat < 1:2117943/50‑1 (MQ=255) cATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGgtgatg > 1:5050063/1‑50 (MQ=255) cATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGatgatg > 1:5585956/1‑50 (MQ=255) cATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGatgatg < 1:552195/50‑1 (MQ=255) cATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGatgatg < 1:2255007/50‑1 (MQ=255) ttGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTggtgatt > 1:3016434/1‑47 (MQ=38) ttGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGatgatg > 1:6178499/1‑48 (MQ=255) ggTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATTATTCAgg > 1:4277454/1‑50 (MQ=255) gTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGt < 1:5330064/50‑1 (MQ=255) ttATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGGAgggg > 1:422503/1‑48 (MQ=255) ttATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTg < 1:5174469/50‑1 (MQ=255) ttATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTg < 1:5475718/50‑1 (MQ=255) tATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGGTGATGGAgggg > 1:4849166/1‑47 (MQ=37) aTTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTCTTTTGATGTTTCAgggg > 1:3016814/1‑46 (MQ=255) aTTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGc < 1:1130126/49‑1 (MQ=255) tGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATGCAGGTGCAg > 1:3822106/1‑49 (MQ=255) cccAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATGCAGGGGGAGaa > 1:249521/1‑49 (MQ=38) cccAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGaaa < 1:692546/50‑1 (MQ=255) cccAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGaa < 1:5841864/49‑1 (MQ=255) ccAGGCGGTGCATAATAACGGCGGTATTTTGATGATGCCGGGGGAGaaa > 1:5943985/1‑49 (MQ=25) ccAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATTGAGGGGCAGaaaa > 1:5798659/1‑50 (MQ=255) cAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAAt < 1:449595/50‑1 (MQ=255) aGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTTTTGATGCAGGGGCAGaaaaag > 1:6252464/1‑48 (MQ=255) aGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTTGTGTTGGAAGGGCCGAAAATg > 1:3508716/1‑50 (MQ=255) aGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATTCCGGTGCAGaaaaag > 1:1450661/1‑48 (MQ=255) aGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATg < 1:91581/50‑1 (MQ=255) ggCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGGTGGTGCAGGTGCAGAAAAAgg > 1:4287299/1‑50 (MQ=38) ggCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCCGGGGCAGAAAAAgg > 1:2731755/1‑50 (MQ=255) gCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGt < 1:1078524/50‑1 (MQ=255) gCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGt < 1:3685049/50‑1 (MQ=255) gCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGt < 1:3107220/50‑1 (MQ=255) cGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGGTGATGCAGGGGCAGAAAAAGGt > 1:5773473/1‑49 (MQ=38) cGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGtt < 1:1404831/50‑1 (MQ=255) cGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGGGCAGAAAATggg > 1:6326522/1‑48 (MQ=255) cGGTGCACAATAACGGCGGCATTTTTCTGATGGCGGGGCAGAAAATGGt > 1:894057/1‑49 (MQ=16) ggTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTa < 1:543337/50‑1 (MQ=255) gTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTaa < 1:5875413/50‑1 (MQ=255) gTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTaa < 1:283113/50‑1 (MQ=255) cacaATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGaa < 1:2720506/50‑1 (MQ=255) cacaATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGaa < 1:5656899/50‑1 (MQ=255) cacaATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGa < 1:1578862/49‑1 (MQ=255) aaTAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGc < 1:4244785/50‑1 (MQ=255) tAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCa < 1:4060780/50‑1 (MQ=255) aCGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCAc < 1:2695796/49‑1 (MQ=255) aCGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACg < 1:4050753/50‑1 (MQ=255) aCGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACg < 1:1956495/50‑1 (MQ=255) ggcggTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCt > 1:3378054/1‑50 (MQ=255) gcggTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTg < 1:3914196/50‑1 (MQ=255) gcggTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTg > 1:1482195/1‑50 (MQ=255) cggTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTg > 1:875524/1‑49 (MQ=255) cggTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGc < 1:5667124/50‑1 (MQ=255) ggTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCa > 1:270143/1‑50 (MQ=255) ggTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCa > 1:5100985/1‑50 (MQ=255) tATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATc > 1:2471815/1‑50 (MQ=255) tATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATc < 1:3953807/50‑1 (MQ=255) tATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATc < 1:3563892/50‑1 (MQ=255) aTTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATcc > 1:3316126/1‑50 (MQ=255) ttGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATcc > 1:2269628/1‑49 (MQ=255) ttGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATcc > 1:221793/1‑49 (MQ=255) ttGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCt < 1:4706912/50‑1 (MQ=255) tgtgATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCt > 1:3764243/1‑49 (MQ=255) tgtgATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCt > 1:3800647/1‑49 (MQ=255) tgtgATGATGCAGGTG‑‑GAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTaaa > 1:3188687/1‑50 (MQ=255) gtgATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTa > 1:2392016/1‑49 (MQ=255) gtgATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTa < 1:2539516/49‑1 (MQ=255) gtgATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTa > 1:5413637/1‑49 (MQ=255) | GACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAGAAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAA > NC_000913/1776205‑1776300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |