| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 90,450 | G→T | M119I (ATG→ATT) | rsmH → | 16S rRNA m(4)C1402 methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 90,450 | 0 | G | T | 98.5% | 242.2 / ‑2.7 | 68 | M119I (ATG→ATT) | rsmH | 16S rRNA m(4)C1402 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (34/33); total (34/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.77e-01 | |||||||||||
GTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATGCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTGGGCAGT > NC_000913/90403‑90496 | gTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATtcg > 1:4048871/1‑50 (MQ=255)gTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATtcg > 1:6440734/1‑50 (MQ=255)gTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATtcg > 1:2213391/1‑50 (MQ=255) tctcTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATtcgc > 1:5261993/1‑50 (MQ=255) tctcTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATtcgc > 1:5035534/1‑50 (MQ=255) ctctTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATtcgc > 1:2010405/1‑49 (MQ=255) tctTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGa > 1:2744463/1‑50 (MQ=255) tctTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGa > 1:2695807/1‑50 (MQ=255) ttCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTcgcg < 1:1346195/47‑1 (MQ=255) cACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATg < 1:4993504/48‑1 (MQ=255) cACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGt > 1:3039100/1‑50 (MQ=255) cACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGt > 1:2187848/1‑50 (MQ=255) aCCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGt < 1:1509619/49‑1 (MQ=255) aCCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGt < 1:2310967/49‑1 (MQ=255) aCCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTc < 1:2281862/50‑1 (MQ=255) aCCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTc > 1:3594723/1‑50 (MQ=255) ccGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTcc > 1:2012391/1‑50 (MQ=255) ccGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTcc < 1:6671932/50‑1 (MQ=255) gCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGc > 1:6496012/1‑50 (MQ=255) gCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGc < 1:1354849/50‑1 (MQ=255) gCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGc > 1:1827354/1‑50 (MQ=255) cAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCt < 1:737189/50‑1 (MQ=255) cAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCt > 1:4780175/1‑50 (MQ=255) cAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCt < 1:3111280/50‑1 (MQ=255) aaCTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTg > 1:6017336/1‑50 (MQ=255) aaCTTGATGAGGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTg > 1:5433818/1‑50 (MQ=255) aCTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTgg < 1:6228626/50‑1 (MQ=255) aCTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTgg < 1:5193788/50‑1 (MQ=255) gatgatGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACa < 1:1351689/49‑1 (MQ=255) gatgatGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACAt > 1:3690574/1‑50 (MQ=255) atgatgCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATGCGCGATGGTCCGCTGGACATg < 1:1774258/50‑1 (MQ=255) atgatgCTAAACGTGTCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATg < 1:5941928/50‑1 (MQ=255) tgatgCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGc > 1:1600512/1‑50 (MQ=255) atgCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCg < 1:3048631/49‑1 (MQ=255) atgCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCg < 1:2844276/49‑1 (MQ=255) atgCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCg > 1:2640680/1‑49 (MQ=255) atgCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCg < 1:2432975/49‑1 (MQ=255) tgCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTa > 1:6507062/1‑50 (MQ=255) gCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTAt > 1:1391920/1‑50 (MQ=255) gCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTAt > 1:5557497/1‑50 (MQ=255) cTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATg > 1:2595658/1‑50 (MQ=255) cTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATg > 1:2546857/1‑50 (MQ=255) cTGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATg < 1:4732722/50‑1 (MQ=255) tGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATg > 1:4306483/1‑49 (MQ=255) tGAACGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATg > 1:4651136/1‑49 (MQ=255) aaCGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGa < 1:6475321/49‑1 (MQ=255) aaCGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGa < 1:4038535/49‑1 (MQ=255) aaCGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGa < 1:2510490/49‑1 (MQ=255) aaCGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGa < 1:2362049/49‑1 (MQ=255) aaCGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGACGGTCCGCTGGACATGCGTATGGAc > 1:1052926/1‑50 (MQ=255) aCGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGAcc < 1:5108836/50‑1 (MQ=255) aCGTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGAcc < 1:1684646/50‑1 (MQ=255) gTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGAccc > 1:2574613/1‑49 (MQ=255) gTGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCa < 1:853142/50‑1 (MQ=255) tGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCaa < 1:3783671/50‑1 (MQ=255) tGGCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCaa > 1:2553690/1‑50 (MQ=255) ggCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAAc > 1:5393979/1‑50 (MQ=255) ggCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAAc > 1:2373786/1‑50 (MQ=255) ggCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAAc > 1:5790227/1‑50 (MQ=255) gCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAAcc < 1:788735/50‑1 (MQ=255) gCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAAcc > 1:3588261/1‑50 (MQ=255) gCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAAcc < 1:2971905/50‑1 (MQ=255) gCTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAAc < 1:361630/49‑1 (MQ=255) cTTTTCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAAccc < 1:2909960/50‑1 (MQ=255) ttttCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCg > 1:4254028/1‑50 (MQ=255) tttCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGt > 1:567971/1‑50 (MQ=255) tCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTgg > 1:5340621/1‑50 (MQ=255) tCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTgg > 1:2412760/1‑50 (MQ=255) tCCTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTg < 1:1958217/49‑1 (MQ=255) cTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTGGGc < 1:6174836/50‑1 (MQ=255) cTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTGGGc < 1:5764001/50‑1 (MQ=255) cTTTATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTGGGc < 1:4812202/50‑1 (MQ=255) tttATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTggg > 1:6494589/1‑48 (MQ=255) tATTCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTGGGCAGt > 1:5687010/1‑50 (MQ=255) | GTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATGCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTGGGCAGT > NC_000913/90403‑90496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |