BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	381.2 / NA	101	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (50/51); total (50/51)

Only 100 of 105 total aligned reads displayed.

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

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aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                              <  1:5584769/50‑1 (MQ=255)

aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                              <  1:1732401/50‑1 (MQ=255)

 aTGGTTTAAATGACTTACTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                             <  1:2760269/50‑1 (MQ=255)

  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                            <  1:5487172/50‑1 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  1:2733933/1‑49 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  1:657228/1‑49 (MQ=255)

     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          >  1:5047117/1‑49 (MQ=255)

     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa                                         <  1:291947/50‑1 (MQ=255)

       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       >  1:1102956/1‑50 (MQ=255)

        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:5807125/1‑50 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:1091628/50‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      <  1:1611394/49‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:641806/1‑49 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:780987/1‑49 (MQ=255)

         aaTCACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:5666473/50‑1 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  1:5896397/50‑1 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  1:4500649/50‑1 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  1:2279747/50‑1 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:3999163/50‑1 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   >  1:3116278/1‑50 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:902604/50‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:3814722/49‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:877631/49‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:3820353/49‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:4107987/49‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:1508007/1‑49 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:1389771/50‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:4138349/50‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:5637612/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:4499651/1‑50 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:3180233/1‑50 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:1114314/50‑1 (MQ=255)

               ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:6082612/1‑49 (MQ=255)

               ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:2437944/1‑49 (MQ=255)

                tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               >  1:5762517/1‑49 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             >  1:720294/1‑50 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:6467640/49‑1 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            <  1:191941/50‑1 (MQ=255)

                   taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:1819645/1‑49 (MQ=255)

                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa                         >  1:4736446/1‑50 (MQ=255)

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                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa                         >  1:3561742/1‑50 (MQ=255)

                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa                          <  1:3772898/49‑1 (MQ=255)

                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa                          <  1:2723910/49‑1 (MQ=255)

                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa                          <  1:1756316/49‑1 (MQ=255)

                      tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        >  1:1365100/1‑50 (MQ=255)

                       ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       >  1:4161005/1‑50 (MQ=255)

                        tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      >  1:1743317/1‑50 (MQ=255)

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                         cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     >  1:3801103/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:6166256/47‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:1196817/47‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:1288069/47‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:5796099/47‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:4596722/47‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        <  1:6152337/46‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    <  1:4140699/50‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:1123171/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:814308/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:1560833/49‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:5508378/49‑1 (MQ=255)

                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:3265427/1‑50 (MQ=255)

                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:2831215/1‑50 (MQ=255)

                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  <  1:2969225/50‑1 (MQ=255)

                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:776808/1‑50 (MQ=255)

                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt                 <  1:2236706/49‑1 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:5451661/1‑50 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:5547208/1‑50 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               <  1:2294473/49‑1 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:3955735/1‑49 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:4118569/1‑49 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg              <  1:5917312/50‑1 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:6681440/1‑48 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:61220/1‑48 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  1:2191412/49‑1 (MQ=255)

                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          <  1:2265979/50‑1 (MQ=255)

                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  1:2076071/1‑50 (MQ=255)

                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  1:2999416/1‑50 (MQ=255)

                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  1:5127359/1‑50 (MQ=255)

                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          <  1:5751603/50‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  1:50766/50‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         <  1:5082165/49‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         <  1:4583268/49‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:1990710/1‑49 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         <  1:6699566/49‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         <  1:3883404/49‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:36140/1‑49 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      <  1:5250247/49‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     >  1:5381590/1‑50 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     >  1:5710426/1‑50 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     >  1:6066116/1‑50 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  1:3374718/49‑1 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  1:6132954/49‑1 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  1:1868502/49‑1 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   >  1:3430306/1‑50 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   >  1:4100887/1‑50 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   <  1:4390331/50‑1 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   >  1:5831435/1‑50 (MQ=255)

                                            aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  >  1:5208162/1‑50 (MQ=255)

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`