| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 603,467 | Δ5,885 bp | [ybdG]–insL‑2 | [ybdG], nfsB, ybdF, ybdJ, ybdK, sokE, hokE, insL‑2 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 603467 | 609351 | 5885 | 62 [0] | [0] 61 | [ybdG]–insL‑2 | [ybdG],nfsB,ybdF,ybdJ,ybdK,sokE,hokE,insL‑2 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 603466 | 0 (0.000) | 61 (0.950) | 44/94 | 0.0 | 100% | coding (1198/1248 nt) | ybdG | miniconductance mechanosensitive channel YbdG |
| ? | NC_000913 | 609352 = | 0 (0.000) | intergenic (+175/+107) | insL‑2/entD | IS186/IS421 transposase/phosphopantetheinyl transferase EntD | |||||
TTACTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/603416‑603466‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTG > NC_000913/609352‑609398 TTACGGCTTAAAGGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCG < 1:372082/50‑1 ACTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGA < 1:1496744/49‑1 CTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGT < 1:3363633/50‑1 GCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAA > 1:4891831/1‑50 CTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAAT > 1:3339388/1‑50 CTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAAT > 1:3287725/1‑50 TTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATC > 1:2384686/1‑50 TTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATC > 1:3759312/1‑50 TTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATC > 1:1919081/1‑50 AAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCC > 1:2976198/1‑50 AAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCC > 1:1471549/1‑50 AAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCC < 1:4323743/49‑1 AATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCC > 1:2715801/1‑50 AATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCC < 1:2030175/50‑1 AATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCC < 1:3142260/50‑1 AATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCC > 1:1329241/1‑50 AATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCC > 1:87247/1‑50 AATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCC < 1:1814023/49‑1 TGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGC < 1:4504165/50‑1 TGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGC < 1:2274404/50‑1 GCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCA > 1:282957/1‑50 CACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCA > 1:3775451/1‑49 ACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATA > 1:3675174/1‑50 ACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATA < 1:1108785/50‑1 CCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATAT < 1:2347940/50‑1 CGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCC > 1:2864535/1‑50 GCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCG < 1:110790/50‑1 CCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGG > 1:4254165/1‑50 CCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGG > 1:1674115/1‑50 CAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGT > 1:3071202/1‑50 AGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTT < 1:1586358/50‑1 AGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTT > 1:3344159/1‑50 GAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTG < 1:805887/50‑1 GAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTG > 1:2043537/1‑50 GAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGT > 1:16885/1‑49 AGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCA < 1:4464940/50‑1 AGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGT > 1:3525451/1‑48 GCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAG < 1:3917393/50‑1 CGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGG > 1:606682/1‑50 CGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGG > 1:4081371/1‑50 GAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGT > 1:1714453/1‑50 GAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGT < 1:837910/50‑1 GAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGT > 1:2865157/1‑50 ATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAG > 1:1949035/1‑49 ATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATG > 1:600326/1‑50 ATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGAT < 1:717780/49‑1 TTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGG < 1:1685408/50‑1 GCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGT < 1:146605/49‑1 GCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGT < 1:1640847/49‑1 CCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTA < 1:1796490/49‑1 CCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTA < 1:2803766/49‑1 CCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGT > 1:4689612/1‑48 CCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGT > 1:1127980/1‑48 CCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGT > 1:5082573/1‑48 CGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAG < 1:3927156/50‑1 CGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAG > 1:2428338/1‑50 CGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAG < 1:1645981/50‑1 CGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAG > 1:3020383/1‑50 GGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGG > 1:3336435/1‑50 GTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGCCAGGTCAGGATGGTAAGG > 1:4312813/1‑49 TGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCAC > 1:3016375/1‑50 GCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCT > 1:83650/1‑50 CGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTG > 1:4813806/1‑50 TTACTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/603416‑603466‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTG > NC_000913/609352‑609398 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |