| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499 | 1300697 | 1199 | 80 [0] | [0] 79 | insH21 | insH21 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 73 (1.190) | 53/90 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299446‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA > NC_000913/1300698‑1300745 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:3057671/1‑50ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC < 1:2451385/50‑1 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCT < 1:4421557/50‑1 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:2802341/1‑49 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:1192700/1‑49 AATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCT > 1:2534231/1‑49 AATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCT > 1:3224514/1‑49 AATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCT > 1:3993950/1‑49 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA < 1:1176187/50‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA < 1:1772865/50‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA < 1:4538568/50‑1 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT > 1:2646906/1‑49 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:4942268/1‑50 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:2047156/1‑50 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:2088989/1‑50 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATA < 1:3528142/49‑1 AATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAAT < 1:5002627/50‑1 ATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATA < 1:2360508/50‑1 TGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAA < 1:4967454/50‑1 GATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAAT > 1:588771/1‑50 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAAT < 1:2844641/49‑1 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC > 1:3204523/1‑49 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA > 1:2050063/1‑50 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA > 1:2287658/1‑50 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGCAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA > 1:3557540/1‑50 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAAT < 1:889889/50‑1 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT > 1:2464648/1‑50 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT < 1:1569147/49‑1 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT < 1:3216970/49‑1 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT < 1:4040356/50‑1 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT < 1:2566493/50‑1 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT < 1:4037810/50‑1 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT > 1:1113540/1‑50 AATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTT > 1:152556/1‑49 ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA > 1:1252665/1‑49 ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA > 1:2436305/1‑49 ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA < 1:3682144/49‑1 ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA < 1:3447419/49‑1 ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA < 1:4388630/49‑1 TTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAA > 1:4463376/1‑50 TTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAA < 1:2515076/50‑1 TTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAA < 1:489420/50‑1 CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:4578575/1‑49 CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT < 1:4875620/49‑1 ACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTAT < 1:3893750/50‑1 ACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTAT > 1:2477588/1‑50 GCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGT > 1:1510395/1‑50 GCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGT > 1:3237962/1‑50 GCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGT > 1:4048711/1‑50 CCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG < 1:4613417/50‑1 CCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGT < 1:1196145/49‑1 CCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGT < 1:1327148/49‑1 CCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTG < 1:3752759/48‑1 CCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTG < 1:428446/48‑1 CTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGC < 1:1763610/50‑1 TTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCA > 1:3962714/1‑50 TTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAT > 1:2243656/1‑50 TGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT > 1:3435390/1‑50 TGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAT < 1:586905/49‑1 TGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCA < 1:109509/48‑1 GTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT > 1:1032388/1‑49 GTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT < 1:676763/49‑1 TAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA < 1:900806/50‑1 TAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA < 1:3804132/50‑1 AGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:3435918/1‑50 AGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:5061961/1‑50 AGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:4907610/1‑50 GAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACT < 1:2544287/50‑1 GAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC < 1:3771723/49‑1 GAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:1413040/1‑49 AGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTA < 1:3914935/50‑1 AGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTA > 1:2145406/1‑50 GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTAC < 1:4936945/50‑1 GAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACT > 1:2127768/1‑50 AAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 1:3407658/1‑50 AAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 1:3927635/1‑49 AGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGA < 1:2952509/50‑1 AGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGG > 1:4630982/1‑49 GTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCGCTACTGGAA < 1:425608/50‑1 GTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAA < 1:1811041/50‑1 GTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAA > 1:1255268/1‑50 GTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAA > 1:3375389/1‑50 TGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAC > 1:1331185/1‑50 TAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTG > 1:3588419/1‑49 TAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTG > 1:795029/1‑49 TAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTG > 1:4323807/1‑49 AATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA < 1:2912866/49‑1 AATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACGGTA < 1:2118432/49‑1 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299446‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA > NC_000913/1300698‑1300745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |