| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 68 [0] | [0] 68 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 68 (1.040) | 51/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101349‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > NC_000913/2137718‑2137765 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT > 1:2777808/1‑50TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT < 1:2967555/50‑1 TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 1:4552291/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT > 1:114716/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT > 1:4308244/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC < 1:2775953/49‑1 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC < 1:1663201/49‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT < 1:2887882/49‑1 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA > 1:1656006/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:1195534/1‑50 AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:3790760/1‑50 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:2729593/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC > 1:2068983/1‑50 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:808077/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:2419093/49‑1 ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG < 1:3952965/50‑1 ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG < 1:3854025/50‑1 ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG < 1:1973972/50‑1 ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG < 1:762725/50‑1 AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:3553738/1‑49 AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:955747/1‑49 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:3578348/1‑50 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA < 1:959510/50‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:3429567/49‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:2836117/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:3618715/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:2464281/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:2083325/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:3589789/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:2356655/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:3442316/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:497745/48‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT < 1:2735004/50‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC < 1:4769884/49‑1 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:233681/1‑49 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA < 1:1971861/50‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 1:1129273/49‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT > 1:338187/1‑49 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 1:766848/50‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 1:3715655/50‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 1:1765652/50‑1 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:1498137/1‑50 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:1533486/1‑50 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 1:4949042/49‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:172664/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:906303/1‑49 TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA > 1:2899324/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG > 1:3263209/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG > 1:3921326/1‑50 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT < 1:932831/50‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT > 1:2592874/1‑50 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG < 1:4379997/49‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:2958214/50‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT < 1:921270/49‑1 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:2247941/1‑49 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT < 1:1722052/49‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT < 1:765490/49‑1 TACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 1:3875803/1‑49 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA > 1:4440973/1‑50 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 1:3981055/50‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA < 1:4887124/49‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA < 1:1110929/49‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT > 1:1216759/1‑49 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 1:144903/50‑1 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT > 1:1953401/1‑50 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC < 1:665042/49‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT < 1:1369886/49‑1 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:3830417/1‑50 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101349‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > NC_000913/2137718‑2137765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |