| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,090,341 | Δ1 bp | intergenic (+89/‑6) | yggI → / → endA | conserved protein YggI/DNA‑specific endonuclease I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,090,341 | 0 | T | . | 98.9% | 457.9 / ‑2.3 | 92 | intergenic (+89/‑6) | yggI/endA | conserved protein YggI/DNA‑specific endonuclease I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (50/41); minor base A (1/0); total (51/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTATTTGTCTATTGCTGCGGTGGTACTGAGC > NC_000913/3090296‑3090385 | aCCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTg > 1:2644222/1‑50 (MQ=255)aCCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTg > 1:2221779/1‑50 (MQ=255) ccAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACATGGAG‑AAGTGc > 1:3657674‑M1/1‑49 (MQ=255) ccAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTg < 1:5628364/49‑1 (MQ=255) ccAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGc > 1:534567‑M1/1‑49 (MQ=255) cAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcc > 1:7078249‑M1/1‑48 (MQ=255) cAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcc < 1:1995103‑M1/50‑3 (MQ=255) cAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcc < 1:5708920‑M1/50‑3 (MQ=255) cAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcc > 1:4601650‑M1/1‑48 (MQ=255) aaaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcc > 1:1717056‑M1/1‑47 (MQ=255) aaaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcc > 1:2658240‑M1/1‑47 (MQ=255) aaaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcc > 1:6955186‑M1/1‑47 (MQ=255) aaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGccta < 1:5985780‑M1/50‑5 (MQ=255) aaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGccta < 1:1908408‑M1/50‑5 (MQ=255) aaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGccta > 1:2190082‑M1/1‑46 (MQ=255) aaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGccca > 1:6682756‑M1/1‑46 (MQ=255) aaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctac < 1:2174946‑M1/50‑6 (MQ=255) aaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctac < 1:6751979‑M1/50‑6 (MQ=255) aaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctac < 1:1657817‑M1/50‑6 (MQ=255) aaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGccta > 1:1297058‑M1/1‑45 (MQ=255) aaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGccta > 1:307016‑M1/1‑45 (MQ=255) aaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGccta > 1:6648843‑M1/1‑45 (MQ=255) aCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctaca < 1:6506845‑M1/50‑7 (MQ=255) 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cTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaa > 1:2344210‑M1/1‑22 (MQ=255) gTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccc > 1:6937670‑M1/1‑19 (MQ=255) gTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccc > 1:122598‑M1/1‑19 (MQ=255) gTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccc > 1:1005588‑M1/1‑19 (MQ=255) gTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccc < 1:5267167‑M1/50‑32 (MQ=255) gTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccc > 1:393330‑M1/1‑19 (MQ=255) ttttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccc > 1:2617404‑M1/1‑18 (MQ=255) ttttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccc < 1:3348852‑M1/50‑33 (MQ=255) ttttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccc > 1:4984297‑M1/1‑18 (MQ=255) tttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccc > 1:286698‑M1/1‑17 (MQ=255) ttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccccta > 1:6085937‑M1/1‑16 (MQ=255) ttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccccta > 1:5400924‑M1/1‑16 (MQ=255) ttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccccta > 1:534798‑M1/1‑16 (MQ=255) ttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccct < 1:2767759‑M1/49‑34 (MQ=255) aaCACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctacc > 1:226356‑M1/1‑14 (MQ=255) aaCACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctac < 1:2799960‑M1/49‑36 (MQ=255) aaCACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctac < 1:4080011‑M1/49‑36 (MQ=255) acacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctacc < 1:767281‑M1/49‑37 (MQ=255) acacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctacc < 1:5237009‑M1/49‑37 (MQ=255) cacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctacccc < 1:1525028‑M1/50‑39 (MQ=255) acGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctacccca < 1:5777585‑M1/50‑40 (MQ=255) | ACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTATTTGTCTATTGCTGCGGTGGTACTGAGC > NC_000913/3090296‑3090385 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |