| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 92.9% | 282.2 / 19.9 | 70 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base . (37/28); total (39/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117 | gCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt > 1:5172809/1‑50 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:626548/50‑1 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:3635384/1‑50 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:7201062/1‑50 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:1341949/1‑50 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:6142156/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:1339413/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:1950469/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:3079071/49‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:523270/48‑1 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:7237986/50‑2 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:3711858/50‑2 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:5542937/49‑1 (MQ=255) ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:4951164/50‑3 (MQ=255) ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:4858623/50‑3 (MQ=255) ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:4534438/50‑3 (MQ=255) ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta > 1:1573978/1‑48 (MQ=255) tCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaa > 1:525962/1‑50 (MQ=255) ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:3440981/1‑49 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:5886212/49‑2 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:929523/49‑2 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:7136510/1‑50 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:2091700/1‑50 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:960247/50‑1 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:1261789/1‑50 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:3043862/50‑1 (MQ=255) gagaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:773307/1‑49 (MQ=39) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:3072056/48‑1 (MQ=39) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:6104906/1‑50 (MQ=255) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:1782320/1‑50 (MQ=255) gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:4939638/50‑1 (MQ=255) gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:2955402/50‑1 (MQ=255) gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:5996549/50‑1 (MQ=255) gaTATAATGATGTTGCACAAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:2593138/1‑49 (MQ=38) atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:1398477/50‑1 (MQ=255) atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:4086977/1‑49 (MQ=39) ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:2238222/1‑50 (MQ=255) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:678452/49‑1 (MQ=39) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:956157/49‑1 (MQ=39) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:1117416/1‑50 (MQ=255) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:1204105/1‑50 (MQ=255) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:7324648/1‑50 (MQ=255) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:7440845/49‑1 (MQ=39) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:2678561/50‑1 (MQ=255) gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:1979712/1‑50 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:5328298/1‑50 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:2992544/50‑1 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:6138374/50‑1 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:412524/1‑50 (MQ=255) gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:2057447/1‑50 (MQ=255) gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:1425426/1‑50 (MQ=255) gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:2667144/1‑50 (MQ=255) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg < 1:2847562/49‑1 (MQ=39) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:5581135/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:1741098/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:479963/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:1609459/49‑1 (MQ=39) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:4313148/49‑1 (MQ=39) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:2376817/49‑1 (MQ=39) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:3521906/49‑1 (MQ=39) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:262821/1‑50 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:3575771/1‑50 (MQ=255) tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:965625/1‑50 (MQ=255) tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:3593663/1‑50 (MQ=255) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:1653845/48‑1 (MQ=39) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt < 1:6887185/49‑1 (MQ=39) aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTgg < 1:3061826/50‑1 (MQ=255) aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTgg < 1:6288784/50‑1 (MQ=255) aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:6110630/1‑49 (MQ=39) gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGgag < 1:939609/50‑1 (MQ=255) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:6352661/1‑48 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:3254528/1‑48 (MQ=39) tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag < 1:6371021/50‑1 (MQ=255) tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag < 1:6774848/50‑1 (MQ=255) tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag < 1:4031414/50‑1 (MQ=255) tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag > 1:1136944/1‑50 (MQ=255) gTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:2235010/1‑50 (MQ=255) gTTTATATC‑TTTTTAAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:5113091/1‑50 (MQ=255) tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:3072954/1‑49 (MQ=39) tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:2563238/1‑49 (MQ=39) ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCCTCTCGTGGAGAGTCa > 1:937624/1‑50 (MQ=255) tataTCTG‑TTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGTGTCa < 1:7026153/49‑1 (MQ=255) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa < 1:5574083/49‑1 (MQ=39) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa < 1:4315263/49‑1 (MQ=39) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:860484/1‑50 (MQ=255) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:3469996/1‑50 (MQ=255) atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:1516830/1‑50 (MQ=255) | GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |