| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 380111 | 0 (0.000) | 69 (0.810) +CGAGAT |
38/86 | 0.3 | 71.1% | coding (732/774 nt) | yaiO | outer membrane protein YaiO |
| ? | NC_000913 | 4070444 = | 64 (0.650) | intergenic (‑43/+71) | yihR/yihS | putative aldose 1‑epimerase YihR/sulfoquinovose isomerase | |||||
AAGGAATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/380063‑380111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAG > NC_000913/4070444‑4070482 |||||| AAGGAATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTAC > 1:629381/1‑50 AGGAATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTAC > 1:6915128/1‑49 AGGAATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTAC > 1:6628433/1‑49 GGAATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTAC > 1:1604111/1‑48 GGAATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTAC > 1:1502818/1‑48 GAATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAG < 1:4495658/50‑1 GAATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTAC > 1:1103636/1‑47 GAATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTAC > 1:2305755/1‑47 AATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGA < 1:5575850/50‑1 AATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTAC > 1:6265788/1‑46 AATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTAC > 1:5420211/1‑46 AATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTAC > 1:1691372/1‑46 AATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTAC > 1:7464205/1‑46 TCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATG > 1:4673594/1‑50 CAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATG > 1:7354609/1‑49 CAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATG > 1:2465515/1‑49 AGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGA > 1:5089868/1‑50 GAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGAC < 1:3184395/50‑1 GAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGAC > 1:6611174/1‑50 GAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGAC < 1:578957/50‑1 AATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACG > 1:136046/1‑50 ATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGG > 1:4943164/1‑50 ATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGG > 1:1475983/1‑50 TTTCCAGGTCAGACGGGCTTCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGT < 1:1362179/50‑1 TTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGT < 1:3022164/50‑1 TTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTC > 1:818562/1‑50 TCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCC > 1:1145875/1‑50 TCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCC > 1:4149156/1‑50 TCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTC < 1:7355148/49‑1 TCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGAAGACCGTTACGAGATGGACGGTC < 1:2910181/49‑1 CAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCC > 1:3106636/1‑50 CAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCC > 1:5109503/1‑50 AGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCT > 1:3022800/1‑50 AGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCT < 1:4005994/50‑1 AGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCT < 1:5622282/50‑1 GGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTC < 1:6830314/50‑1 GGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTC < 1:487218/50‑1 GTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCG > 1:3478314/1‑50 GTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCG > 1:3285788/1‑50 GTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCG < 1:4385388/50‑1 AGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCC > 1:2568508/1‑50 GACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCC > 1:6923308/1‑50 CGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCct < 1:200567/50‑3 CGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCct > 1:3451258/1‑48 CGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCct > 1:4106057/1‑48 GGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTT < 1:1200794/50‑1 GGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTT < 1:4584572/50‑1 GGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTT > 1:48043/1‑50 GGCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTG < 1:7359314/50‑1 GCTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGG > 1:772411/1‑50 CTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGG > 1:4984802/1‑50 CTGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGG < 1:1545630/50‑1 TGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGG > 1:5237263/1‑49 TGCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGG > 1:290395/1‑49 GCAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGG > 1:3927504/1‑48 CAAGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGG > 1:5195936/1‑47 AGTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAG < 1:1363769/50‑1 GTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGG > 1:3958873/1‑50 GTTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGG < 1:1636607/50‑1 TTGCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGG < 1:3753799/50‑1 GCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGT > 1:265250/1‑49 GCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGT < 1:3441159/49‑1 GCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGT < 1:3942551/49‑1 GCAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGT < 1:1192533/49‑1 CAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTT < 1:2483290/49‑1 CAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTT < 1:7148696/49‑1 CAGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGT > 1:3962845/1‑48 AGACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAG > 1:1663198/1‑50 GACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGG > 1:1646681/1‑50 GACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGG < 1:1306253/50‑1 ACCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGG < 1:5685784/50‑1 CCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGGt > 1:1027140/1‑49 CCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGGt > 1:1359252/1‑49 CCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGGt > 1:6038259/1‑49 CCGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGGt > 1:5883367/1‑49 CGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGGtg < 1:6075393/50‑3 CGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGGtg < 1:3737321/50‑3 CGTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGGt > 1:650048/1‑48 GTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGGt > 1:7280603/1‑47 GTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGGt > 1:1807116/1‑47 GTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGGt > 1:4513753/1‑47 GTTACGAGATGGACGGTCCCCTCGCCCCCTTGGGGAGAGGGTTAGGGt > 1:3066625/1‑47 |||||| AAGGAATCAGAATTTCCAGGTCAGACGGGCTGCAAGTTGCAGACCGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/380063‑380111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAG > NC_000913/4070444‑4070482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |