| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,509,562 | Δ46,201 bp | [hicB]–maeA | 43 genes [hicB], ydcR, ydcS, ydcT, ydcU, ydcV, patD, yncL, ortT, ydcY, ydcZ, mnaT, curA, mcbR, yncD, yncE, ansP, yncG, yncH, rhsE, ydcD, yncO, yncI, ydcC, pptA, yddH, nhoA, yddE, narV, narW, narY, narZ, narU, yddJ, yddK, yddL, yddG, fdnG, fdnH, fdnI, yddM, adhP, maeA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1509562 | 1555762 | 46201 | 111 [0] | [0] 108 | [hicB]–maeA | [hicB],ydcR,ydcS,ydcT,ydcU,ydcV,patD,yncL,ortT,ydcY,ydcZ,mnaT,curA,mcbR,yncD,yncE,ansP,yncG,yncH,rhsE,ydcD,yncO,yncI,ydcC,pptA,yddH,nhoA,yddE,narV,narW,narY,narZ,narU,yddJ,yddK,yddL,yddG,fdnG,fdnH,fdnI,yddM,adhP,maeA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1509561 | 0 (0.000) | 108 (1.100) | 62/98 | 0.0 | 100% | coding (54/417 nt) | hicB | antitoxin of the HicA‑HicB toxin‑antitoxin system |
| ? | NC_000913 | 1555763 = | 0 (0.000) | intergenic (‑94/+63) | maeA/sra | malate dehydrogenase, NAD‑requiring/30S ribosomal subunit protein S22 | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGA > NC_000913/1555714‑1555811 | ttatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta < 1:1112486‑M2/1‑1 (MQ=255) tatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta > 1:2985807‑M2/49‑49 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa > 1:3737700‑M2/48‑50 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa > 1:1873749‑M2/48‑50 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaa < 1:1208240‑M2/2‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgtcggaaggcggttatatggtttctaaa < 1:3446916‑M2/3‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc < 1:4286281‑M2/4‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc < 1:4104032‑M2/4‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc < 1:2337258‑M2/4‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc < 1:2063705‑M2/4‑1 (MQ=255) cccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc > 1:2522359‑M2/46‑49 (MQ=255) cccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggcttctAAAc > 1:5019983‑M2/46‑49 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaa < 1:5330821‑M2/6‑1 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa > 1:4757440‑M2/45‑49 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa > 1:1055860‑M2/45‑49 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa > 1:2139791‑M2/45‑49 (MQ=255) cgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaa > 1:1785143‑M2/44‑49 (MQ=255) cgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaa > 1:3316521‑M2/44‑49 (MQ=255) gtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaa < 1:671805‑M2/8‑1 (MQ=255) gtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaa > 1:6626683‑M2/43‑49 (MQ=255) tcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa > 1:6114652‑M2/42‑50 (MQ=255) tcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa > 1:6441129‑M2/42‑50 (MQ=255) cactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa > 1:4535273‑M2/41‑49 (MQ=255) cactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa > 1:5026735‑M2/41‑49 (MQ=255) cactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa > 1:2095887‑M2/41‑49 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca < 1:1015522‑M2/11‑1 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca > 1:6157925‑M2/40‑50 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca > 1:482976‑M2/40‑50 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAac < 1:3638257‑M2/10‑1 (MQ=255) ctcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAacac < 1:2978156‑M2/12‑1 (MQ=255) ctcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAacac > 1:1486154‑M2/39‑50 (MQ=255) ctcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAacac > 1:7276654‑M2/39‑50 (MQ=255) tcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAacac > 1:3721164‑M2/38‑49 (MQ=255) tcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAacac > 1:952130‑M2/38‑49 (MQ=255) cttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCa > 1:5189250‑M2/37‑50 (MQ=255) cttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCa > 1:5917734‑M2/37‑50 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAATACACCATTg > 1:4911945‑M2/34‑50 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCa < 1:4894129‑M2/14‑1 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCAtt < 1:5131767‑M2/16‑1 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCAt < 1:5685739‑M2/15‑1 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTg > 1:4624682‑M2/34‑50 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc < 1:3044760‑M2/18‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTg < 1:4236036‑M2/17‑1 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg < 1:2138545‑M2/22‑1 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg > 1:7092622‑M2/29‑50 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg < 1:5664428‑M2/22‑1 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg < 1:6256514‑M2/22‑1 (MQ=255) gcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAGAACACCATTGCGCAgg < 1:6364070‑M2/23‑1 (MQ=255) gcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAgg > 1:4839591‑M2/28‑50 (MQ=255) cgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAgg > 1:5627126‑M2/27‑49 (MQ=255) cgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAgg > 1:3075692‑M2/27‑49 (MQ=255) cgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAgg > 1:7350931‑M2/27‑49 (MQ=255) cgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc < 1:5602968‑M2/24‑1 (MQ=255) cgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc < 1:6247212‑M2/24‑1 (MQ=255) cgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc < 1:5530892‑M2/24‑1 (MQ=255) gccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc > 1:4234674‑M2/26‑49 (MQ=255) gccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCa < 1:1127725‑M2/25‑1 (MQ=255) ccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCaa > 1:6711686‑M2/25‑50 (MQ=255) ccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCaa > 1:4709910‑M2/25‑50 (MQ=255) ggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATg > 1:2686439‑M2/23‑50 (MQ=255) gaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATgg > 1:1864781‑M2/22‑50 (MQ=255) aaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgt < 1:3868533‑M2/30‑1 (MQ=255) aaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgt < 1:4829679‑M2/30‑1 (MQ=255) aggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtg < 1:84006‑M2/31‑1 (MQ=255) ggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtgt < 1:1584414‑M2/32‑1 (MQ=255) ggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtgt < 1:2900833‑M2/32‑1 (MQ=255) ggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtgt < 1:2455158‑M2/32‑1 (MQ=255) gtggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGtt < 1:4335947‑M2/33‑1 (MQ=255) cggttatatggtttctAAACAAAGACACCATTGCGCAGGCAATGGTGttt < 1:6254009‑M2/34‑1 (MQ=255) ggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGttt > 1:5704521‑M2/16‑49 (MQ=255) ggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGttt > 1:2942763‑M2/16‑49 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |