| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 25.4% | 161.0 / 10.7 | 59 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative tricarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/8); new base C (0/15); total (36/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGT > NC_000913/802069‑802166 | tgctgcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTaaaa > 1:5364562/1‑50 (MQ=255) gctgcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTaaaa < 1:5001657/49‑1 (MQ=255) gctgcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTaaaa < 1:3812388/49‑1 (MQ=255) gctgcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑c > 1:1292862/1‑50 (MQ=255) gctgcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑c > 1:3732461/1‑50 (MQ=255) ctgcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑c < 1:332098/49‑1 (MQ=255) ctgcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑c > 1:597523/1‑49 (MQ=255) tgcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑cca > 1:7022987/1‑50 (MQ=255) tgcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑cca > 1:7021865/1‑50 (MQ=255) ccTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑ccacc < 1:791936/50‑1 (MQ=255) ccTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑cca < 1:2201300/48‑1 (MQ=255) cTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccg > 1:4017738/1‑50 (MQ=255) cTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccg > 1:7376030/1‑50 (MQ=255) aaTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgccg > 1:2586044/1‑50 (MQ=255) aaTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgccg < 1:6290630/50‑1 (MQ=255) aaTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgcc < 1:2240488/49‑1 (MQ=255) aaTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgcc < 1:2386459/49‑1 (MQ=255) aaTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgc < 1:6078799/48‑1 (MQ=255) aTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgccg > 1:1591930/1‑49 (MQ=255) tggtggtggTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTa > 1:1282077/1‑50 (MQ=255) ggtggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAt < 1:1696120/50‑1 (MQ=255) gtggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAt > 1:2573015/1‑49 (MQ=255) gtggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAt > 1:3202695/1‑49 (MQ=255) tggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAtt > 1:2212682/1‑49 (MQ=255) tggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAtt > 1:7275429/1‑49 (MQ=255) tggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGc > 1:4642245/1‑50 (MQ=255) tggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGc > 1:6215975/1‑50 (MQ=255) tggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGc > 1:1569065/1‑50 (MQ=255) gtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCgg > 1:6935053/1‑50 (MQ=255) gttAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGtt < 1:4764671/47‑1 (MQ=39) gttAACTTACCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTa < 1:1599017/48‑1 (MQ=255) ggTAATTTATCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTa < 1:6568652/50‑1 (MQ=255) ggTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGtt < 1:6927073/49‑1 (MQ=39) ggTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTa > 1:6422864/1‑50 (MQ=255) gTATCTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTAc < 1:6209231/50‑1 (MQ=255) gTAATTTACCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTAc < 1:1795782/50‑1 (MQ=255) tAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTAct > 1:6389906/1‑50 (MQ=255) aaCTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActc > 1:6637590/1‑50 (MQ=255) aaCTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActc > 1:1779272/1‑50 (MQ=255) aCTTACCCGCCGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct < 1:5705440/50‑1 (MQ=255) ttATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt > 1:3439999/1‑49 (MQ=255) ttATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt > 1:1106264/1‑49 (MQ=255) ttATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt > 1:783147/1‑49 (MQ=255) ttATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt > 1:7151572/1‑49 (MQ=255) tATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt > 1:3404518/1‑48 (MQ=255) tATCCGACGGAGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt > 1:5353063/1‑48 (MQ=255) acccGGCGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCa < 1:4377675/47‑1 (MQ=38) aTCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAg > 1:5443506/1‑50 (MQ=255) cccGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg < 1:2950566/49‑1 (MQ=255) ccGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt < 1:5034922/50‑1 (MQ=255) ccGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg > 1:6868600/1‑49 (MQ=255) ccGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg > 1:3061499/1‑49 (MQ=255) gACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTac > 1:1844691/1‑50 (MQ=255) gACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTac > 1:3356724/1‑50 (MQ=255) cGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacca > 1:5371085/1‑50 (MQ=255) ggTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccac < 1:2190799/50‑1 (MQ=255) gTGGGTTAAAAC‑CCGCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccacc < 1:4352183/50‑1 (MQ=255) gTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccacc < 1:6812141/50‑1 (MQ=255) gTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccacc > 1:6444910/1‑50 (MQ=255) tGCTTTAAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACct < 1:2568831/50‑1 (MQ=255) gCGTTTAACC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctg < 1:121377/50‑1 (MQ=255) cGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctg < 1:3805321/49‑1 (MQ=255) ttttAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctgg < 1:3700220/49‑1 (MQ=255) gTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggc > 1:5568044/1‑50 (MQ=255) gTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggc > 1:4784489/1‑50 (MQ=255) gTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggc > 1:1602153/1‑50 (MQ=255) gTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggc > 1:2244742/1‑50 (MQ=255) tttAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggct > 1:2827542/1‑50 (MQ=255) taaaac‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggct < 1:918480/47‑1 (MQ=255) taaaac‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggct < 1:5009879/47‑1 (MQ=255) tAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctg < 1:6330012/49‑1 (MQ=255) tAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctgg > 1:2625467/1‑50 (MQ=255) aaaac‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctg < 1:6366882/48‑1 (MQ=255) aaaaa‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctg < 1:5914290/48‑1 (MQ=255) aaac‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgt < 1:5340968/50‑1 (MQ=255) aaaa‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctgg < 1:5482538/49‑1 (MQ=255) aaaa‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgt > 1:5633221/1‑50 (MQ=255) aaa‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtg > 1:3673400/1‑50 (MQ=255) aaa‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtg > 1:3783254/1‑50 (MQ=255) aaa‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtg > 1:42485/1‑50 (MQ=255) aaa‑CAACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtg < 1:2722338/50‑1 (MQ=255) aa‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtgt > 1:5114794/1‑50 (MQ=255) | TGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGT > NC_000913/802069‑802166 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |