| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 897,355 | 0 | T | G | 26.8% | 142.8 / 10.2 | 56 | V91G (GTG→GGG) | potI | putrescine ABC transporter membrane subunit PotI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/30); new base G (15/0); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACC > NC_000913/897307‑897404 | cggcgACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGtggtgctggtg < 1:1530276/50‑1 (MQ=255)cggcgACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGtggtgctggt < 1:1696653/49‑1 (MQ=255) ggcgACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGtggtgctggtgc < 1:7358212/50‑1 (MQ=255) gcgACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTgcg < 1:4071868/50‑1 (MQ=255) gcgACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGGGCTGGTgcg > 1:7238691/1‑50 (MQ=255) cgACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTgcg‑c < 1:1454343/50‑1 (MQ=255) gACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑Ct < 1:6228207/50‑1 (MQ=255) gACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑Ct < 1:518181/50‑1 (MQ=255) gACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGGGCG‑Ct > 1:4021143/1‑50 (MQ=255) gACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGGGGTGGGGCG‑Ct > 1:5594583/1‑50 (MQ=255) aCGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑Ctt < 1:6747558/50‑1 (MQ=255) aCGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGGGTTGGGGCG‑Ctt > 1:870187/1‑50 (MQ=255) cggcggcggCGATCCTCGGAACTATTGCGACGGTGGTGCTGGTGCG‑Cttt < 1:246145/50‑1 (MQ=255) ggcggcggcGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGGTGGGGCG‑CTTTg > 1:1111426/1‑50 (MQ=39) ggcggcggcGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGGGCTGGGGGG‑CTTTg > 1:1474187/1‑50 (MQ=38) ggcggcggcGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGGGGTGCTGGGGGG‑Ctttt > 1:4498679/1‑49 (MQ=255) ggcggcggcGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGCGGGGCTGGTGCG‑Ctttc > 1:1978169/1‑49 (MQ=255) gcggcggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTgg < 1:2929923/50‑1 (MQ=255) ggcggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTTCGTGTGCG‑GTTTgg > 1:5442371/1‑48 (MQ=37) ggcggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGGGCG‑CTTTgg > 1:97112/1‑48 (MQ=255) ggcggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGGGCTGGGGCG‑CTTTgg > 1:1801546/1‑48 (MQ=38) gcggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAg < 1:6201346/50‑1 (MQ=255) gcggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAg < 1:4138653/50‑1 (MQ=255) cggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CGTTGGCAgg < 1:640046/50‑1 (MQ=255) cggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGGGCG‑CCTTGGGAgg > 1:2585208/1‑50 (MQ=38) ggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGt > 1:4848386/1‑50 (MQ=255) ggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGGGCG‑CTTTGGCAGGt > 1:2108458/1‑50 (MQ=255) cgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGGGCG‑CTTTGGCAGGttt > 1:5073630/1‑50 (MQ=255) cgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGGGCTGGGGCG‑CTTTTGCAGGttt > 1:3985206/1‑50 (MQ=38) gATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTc < 1:4835365/50‑1 (MQ=255) gATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGGGCTGGGGCGCCTTCGGCGGGttt > 1:2298474/1‑50 (MQ=19) aTCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTcg < 1:4718310/50‑1 (MQ=255) aTCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTcg > 1:3042400/1‑50 (MQ=255) aTCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGGGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTcg > 1:1902867/1‑50 (MQ=255) tCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTcgc < 1:4339965/50‑1 (MQ=255) ccTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGGGCG‑CTTTTGCCGGTTTcgcg > 1:7277716/1‑50 (MQ=37) cTCGGAACTATTGCGGCGGTGGGGCTGGTGCG‑CTTTTGCAGGTTTcgcg > 1:4366794/1‑49 (MQ=38) ggAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGAt < 1:6552102/49‑1 (MQ=255) ggAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGAt < 1:2928168/49‑1 (MQ=255) ggAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGAt < 1:3061525/49‑1 (MQ=255) ggAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATc < 1:6386393/50‑1 (MQ=255) ggAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATc < 1:5601857/50‑1 (MQ=255) gAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCa < 1:4206544/50‑1 (MQ=255) gAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCa < 1:3088972/50‑1 (MQ=255) gAACTATTGCGGCGGTGGAGCTTGGGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGGTc > 1:6457035/1‑49 (MQ=37) cTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAAt < 1:7404820/50‑1 (MQ=255) ttGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATgg < 1:1783541/49‑1 (MQ=255) gcggcgGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCt < 1:3404648/49‑1 (MQ=255) cggcggTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCtt < 1:6143578/49‑1 (MQ=255) ggcggTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTg > 1:5923451/1‑50 (MQ=255) gcggTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGc < 1:1641634/50‑1 (MQ=255) cggTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGcc > 1:5240907/1‑50 (MQ=255) cggTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGcc < 1:6936632/50‑1 (MQ=255) cggTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGcc < 1:3040736/50‑1 (MQ=255) ggtggtGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCt > 1:243515/1‑50 (MQ=255) gtggtgCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCtt < 1:4453120/50‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCtt > 1:6067132/1‑50 (MQ=255) gtggtgCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCtt < 1:3735710/50‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCtt < 1:1719177/50‑1 (MQ=255) tggtgctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCttt < 1:3791211/50‑1 (MQ=255) ggtgctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTa > 1:4247537/1‑50 (MQ=255) gtgctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTa < 1:5258521/49‑1 (MQ=255) gtgctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTa < 1:2929247/49‑1 (MQ=255) gtgctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTAt > 1:3139182/1‑50 (MQ=255) gtgctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTAt < 1:2525292/50‑1 (MQ=255) gtgctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTAt < 1:682369/50‑1 (MQ=255) tgctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTAt > 1:2794341/1‑49 (MQ=255) ctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGa < 1:5275179/49‑1 (MQ=255) ctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGa < 1:3253222/49‑1 (MQ=255) ctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGAt < 1:3263086/50‑1 (MQ=255) ctggtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGAt < 1:1101439/50‑1 (MQ=255) gtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATc < 1:6625961/48‑1 (MQ=255) gtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCa < 1:1858516/49‑1 (MQ=255) gtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCAc > 1:6341400/1‑50 (MQ=255) gtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCAc < 1:6763817/50‑1 (MQ=255) gtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCAc < 1:7080426/50‑1 (MQ=255) gtgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCAc < 1:7327484/50‑1 (MQ=255) tgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCAcc < 1:2449136/50‑1 (MQ=255) tgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCAcc > 1:4027265/1‑50 (MQ=255) tgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCAcc < 1:7302301/50‑1 (MQ=255) tgcG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCAcc < 1:2457512/50‑1 (MQ=255) | CGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCG‑CTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACC > NC_000913/897307‑897404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |