| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 257,794 | T→C | intergenic (+23/‑35) | frsA → / → crl | fermentation‑respiration switch protein/RNA polymerase holoenzyme assembly factor Crl |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 257,794 | 0 | T | C | 98.9% | 352.4 / ‑6.4 | 87 | intergenic (+23/‑35) | frsA/crl | fermentation‑respiration switch protein/RNA polymerase holoenzyme assembly factor Crl |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (59/27); minor base A (1/0); total (60/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATTTGGTAAAACAGTTGCATCACAACAGGAGATAGCAATGACGTTACC > NC_000913/257747‑257839 | cTGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTg > 1:5042763/1‑50 (MQ=255)cTGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTg > 1:2760875/1‑50 (MQ=255)cTGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTg > 1:2697414/1‑50 (MQ=255) tGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTgg > 1:616405/1‑50 (MQ=255) tGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTgg > 1:4426587/1‑50 (MQ=255) gATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTgg < 1:4414032/48‑1 (MQ=255) gATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTGGt < 1:1481585/49‑1 (MQ=255) gATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTGGt > 1:3251464/1‑49 (MQ=255) gATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTGGTa < 1:3310662/50‑1 (MQ=255) gATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAACATGGt > 1:5177642/1‑49 (MQ=38) aTCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTGGTaa < 1:5724987/50‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |