Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,665,702 | 0 | C | A | 33.7% | 221.5 / 45.2 | 92 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/5); new base A (0/31); total (56/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-19 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTG > NC_000913/3665468‑3665927 | ttttACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCaaaa > 1:71977/1‑239 (MQ=255) ttttACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCaaaa > 1:1685137/1‑239 (MQ=255) cGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATa > 1:113878/1‑239 (MQ=255) cGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATa > 1:1644721/1‑239 (MQ=255) tgttttttATTCTGCATTAGTCGCCCAACTTCCAAAAAAACAGGAATTCCTCTACTAAAGTGAGGACGGATAAATAA‑AAAATCTTTTTT‑AT‑GTGAAAGAAAATTTAC‑TCCCTCCTCTTGGAC‑CAT‑GGGAAAAATAAAAAAATGCGTTCCCCTTAAAACAAAAAAAAAATTTAC‑AC‑CCCATTTTTCT‑CTTAATTTTTG‑T‑TTTC‑CCCCCAAAAACACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCg < 2:1283252/233‑1 (MQ=255) ttttttCTGCGATAGTGGCCCAATTTACTAAAAACAAGGATTTTCTCTACTACGGTGATGAAAGAGAAAGAA‑AAAATTTTTTTT‑AT‑GTGAATGAAGATTTAA‑TCCTCCCTCCTTGAG‑CCGCGGGAAAAAAAATGAAA‑GCTTTTCCCTGGACACGAATAAAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTCCTCAATTTTGG‑C‑TTCC‑ACCCAAAAAA‑ACCGG‑GTCCCCGCCATTAAAATAGCGATAtt < 2:2012938/235‑1 (MQ=255) cTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGatat > 1:452638/1‑238 (MQ=255) tATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTc > 1:328628/1‑238 (MQ=255) cGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCAc > 1:1173984/1‑233 (MQ=255) cGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTa > 1:773597/1‑238 (MQ=255) aTAGTTGCGCATCTTCCTAAAAAAAAAAAATCTTTCTACTAAGGTGATAAAGGAGTAAAGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGTAAGAAATTTTCA‑CCCCCCCTCCTGGAA‑CTGGGGAAAAAAAAATAAAT‑GCGTCCCCCTGGACCCAAAAAAAAATTTCTA‑AC‑CCCTTTTGCCTTCACGATTTTGT‑C‑TGGC‑ATCCAAAAAA‑ACAGG‑GTGACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 2:1841716/239‑1 (MQ=255) gcccaaaCTTCCAAAAAAACGAAATTATCTCAAATAAAGTGATAAGTGA‑TAAAGA‑AAAAACTTTTTT‑TTGGTGAATAAAGATTAAA‑TCCCCCCTCCTGGAA‑AATGGGGAAAAATAATGAAG‑GCGTCCCCCTTGACAAGAAAAAAAAATTTCA‑AC‑CACCTTTACCTACAAAATTTTGA‑T‑TCGC‑ACCCAAAAAA‑ACGGG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATggg < 2:792307/234‑2 (MQ=255) cTTCCAAAAAAACAAGAATATTTCAACAACAGTGAAGAACGAGTAAAGA‑AAAATTTTTTTT‑AT‑GTGAATAAAGTTTTAA‑TCCCTCCCCATTGAG‑CATGGGGAAAAATAAAAAAA‑GCGTTTCCTTTGACAAAAAAAAAAATTTTTC‑AA‑CACACTTTTCTCCAAAATTTGGG‑T‑TTGC‑ACCCAAAAAA‑ACCGG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAata < 2:1016860/239‑1 (MQ=255) ccTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAc > 1:1188124/1‑223 (MQ=255) tGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATAttt > 1:492383/1‑239 (MQ=255) ttctttctACTACAGTGAAGAACGATTAAAGA‑AGAATTTTTTTT‑AT‑GTGCATGAATTTTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CCTGGGGAAAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAATTTTTC‑AA‑CACCCTTATCTACACGATTTTGG‑C‑TTGC‑ACCCACAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATa < 2:328628/234‑1 (MQ=255) atgtctcTACTAAGGTGATGAACGATTAAAGA‑AGAAATTTTTTT‑AG‑GTGAAGAAATTTTAAA‑TCCCTCCCCCTTGAG‑AATGGGAAAAAATAATTAAG‑GCTTGCCCTTTAACAC‑AAAAAAAAATTTTC‑AACCACATTTATCTATTAAATTTTGG‑T‑TTCC‑ACCCAAAAAA‑CCCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATa < 2:1082147/236‑1 (MQ=255) atatCTCTCCAACAGTGAAGTACG‑GAAAAGAGAGAACTGTTTTT‑AT‑GCGGATGAATTTTTAA‑AGCCTCCAACTTGAA‑CAGGGGAAAAAATAATGAAA‑GTGGGTCTATAGACCAAAATAAAAATTTTAA‑AA‑CACATTTCTCTACT‑AAATTTGG‑CTTTTC‑ACCCGCAAAA‑ACCAG‑TTCCCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATa < 2:492383/239‑1 (MQ=255) cctcatacAGTAGTGAACGAGAAATAA‑AAAAATTTTTTA‑AT‑GTGAAAGAAGATTTAA‑TCCCTCCCCCTTGAG‑AATGGGGAAAAAAAATAAAA‑GCGTGCCCTTTGACACAAATACAAAATTTTA‑AA‑CCCCCTTATCCCCACAATTTTGG‑T‑TCCC‑ACCCAAAAAA‑CCCAG‑GTCCCCGCCATTAAAATAGCGATAtt < 2:1500806/189‑1 (MQ=255) tactacAGTGATGAACGAGTAAAGA‑AAAATCTTTTTT‑AT‑TTACATGAAGATTTAT‑CGCCTCCTCTTTGAA‑AATCGGAAAAAAAAATGAAG‑GCGGGTCCCTTGACAAAAAAAAAAAATTCCA‑AA‑CACACTTATTTCCGCGATTTTGC‑C‑TTCC‑CCCCGAAAAA‑CCCGG‑GGCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAt < 2:649914/198‑1 (MQ=255) agggataaACGAAAAATGA‑AGAAATTTTTTA‑AT‑GAAAATGAAGTTTTAA‑CGCCTCCCCCTGAAG‑AATGGGGAAAAAAAAGAAAG‑GCGTTTCCCTTAACAAAAAAAAAAAATTTAC‑AA‑CACTTTTTTCAACT‑GAATTTGG‑G‑TTTCAACCCAAAAAA‑ACGAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACaa < 2:808073/236‑1 (MQ=255) aGTGAAGAAGGATTAAGGA‑AGAATTTTTTTT‑AG‑GGAAAGGAAGATTTAA‑TCCCTCC‑CCCTGAGCCATAGGAAAAAAAAATAAAA‑GCTTCTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTC‑AA‑CACATTTCTCTACCAAAATTTGG‑C‑TTCC‑CCCCGAAAAA‑ACCGG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACaa < 2:1253972/239‑1 (MQ=255) tgatgaACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAc > 1:1500806/1‑194 (MQ=255) tgatgaACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAAt > 1:1761796/1‑238 (MQ=255) tgatgaACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAAt > 1:779309/1‑238 (MQ=255) tgatgaACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAAt > 1:1060875/1‑238 (MQ=255) atgaACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAc > 1:1327003/1‑192 (MQ=255) atgaACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGt > 1:649914/1‑198 (MQ=255) atgaACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTAt > 1:2047461/1‑212 (MQ=255) atgaACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTc > 1:2266146/1‑238 (MQ=255) atgaACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTc > 1:1079357/1‑238 (MQ=255) gTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTa > 1:526347/1‑237 (MQ=255) gTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGt > 1:2078057/1‑239 (MQ=255) gTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGt > 1:438448/1‑239 (MQ=255) aaagaa‑agaaA‑TTTTTT‑ATGGTGCAGAAATATTAAA‑CCCCCCCCCTTTAAA‑CATGGGAAAAAAAAATAAAC‑GCGTGTCCCTTGACACAAATACAAAATTTCA‑AC‑CACATTTTTCTAC‑CTAATTTGG‑G‑TTGCAACCCGAAAAA‑ACCGG‑TTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGt < 2:1024286/230‑1 (MQ=255) aaTGA‑AGAATGTTTTTT‑AT‑GTACATGAAGTTTTAA‑TCCCCCCCCCTTGAG‑CAGCGGAAAAAAAAATAAAA‑GCGTCTCCCTTGAAACAAATAAAAAATTTTC‑AA‑CCCACTTCTCTACTCAAATGTGT‑C‑TTGC‑ACCCAAAAAA‑ACCAG‑GACACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGa < 2:627614/239‑1 (MQ=255) agaaCTTTTTTAAT‑GCGAATGAAATTTTAA‑CGCCCCCCCTGTGCA‑CAACGGAAAAAAAAAAGAAC‑GCTTTTCCCTTAACAAAAAAAAAAAATTTTC‑AG‑CACATTTATCTCCTC‑AATTTGGTC‑TCGC‑ACCCGAAAAA‑ACAAG‑TTAACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCa < 2:779309/237‑1 (MQ=255) aaaCTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATa > 1:627614/1‑239 (MQ=255) ttt‑AT‑GTG‑AAGAAAATTTAATTCCCTCCCCTTGGAA‑CAGGGAGAAAAAAAATAAAA‑GCGTCTCCCTAGACA‑AAAAAAAAAATTTTCAAA‑CCCTTTTATCTCCTCAATTTTGG‑C‑TTGC‑ACCAGAAAAA‑ACAGG‑GCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACt < 2:452638/239‑1 (MQ=255) ttatggtgAATAAATATTTAA‑TCCCCCCTCTTTAAG‑AAGGGGAAAAAATAATGAAG‑GCGTGTCCCTTGAAAAAAAAAAAAAATTTTA‑AC‑CACTCTTATCTACTCGAATGTGG‑T‑TTGC‑ACCCAAAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACt < 2:1060875/234‑1 (MQ=255) gCATGACGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CCTCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAGTTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCACAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATCTTCACCATTAACCATGGTGAGAATCTATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCAt > 1:778423/1‑211 (MQ=255) ataaaGATTAAA‑CCCCCCCTCCTGAAC‑CATCGGAAAAAATAAGAAAC‑CCGTTCCCCTTAACAAAAATAAAAAATTTTC‑AA‑CCCCCTTACCTACTAGATTTTGC‑C‑TTGC‑ACCCAAAAAA‑CCCAG‑ATCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAata < 2:342122/169‑1 (MQ=255) gacattttAA‑GTCCTCCTCCTGGAG‑CAACGGAAAAAAAAATAAAG‑GCTATTCCCTTAACAAAAAAACAAAATTTTC‑AA‑CACCCTTATTTACTCATTTTTGG‑T‑TTGC‑ATCCAAAAAA‑ACCGG‑TTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACAt < 2:1373667/234‑1 (MQ=255) gAAGTTTTAT‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATGGGAAAAAATAAAGAAG‑GCGTTACCCTTAACAATATAACAAATTTTCA‑AA‑CACTCTTTTCTACTCAAATTTGG‑T‑TTGC‑ATCCCAAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACAt < 2:1125064/239‑1 (MQ=255) tttaacggCCCCCTCCTTGAG‑AATCGGAAAAAAGAATGAAG‑GCTGCTCCTGTGACATAAAAAAAAAATTTAC‑AA‑CACACTTATCTACTGAAATTTGG‑T‑TTAC‑AACAAAAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAAtt < 2:2121742/191‑1 (MQ=255) aa‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTc > 1:342122/1‑172 (MQ=255) aa‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACatat > 1:1373667/1‑239 (MQ=255) a‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCa > 1:1195523/1‑143 (MQ=255) cctctcttggAG‑CATGGGAAAAAATAAATAAG‑GCGTTTCCTTAGACACAAATAAAAAATTTAC‑AA‑CACACTTATCTACTCAATTTTGT‑T‑TTCC‑ATCCAAAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTg < 2:1761796/230‑1 (MQ=255) tcctcctTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTaaaa > 1:216413/1‑123 (MQ=255) tcctcctTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGt > 1:2121742/1‑198 (MQ=255) ctcctTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTa > 1:1784698/1‑194 (MQ=255) cctttGAG‑CAGGGGAAAAAAAAAAAAAA‑GCGTCTCCCTTAACAAAAATAAAAAATTTTC‑AC‑CACACTTATCTACTAAATTTTGG‑T‑TTCC‑ACCCCAAAAA‑CCCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATAtt < 2:673743/127‑1 (MQ=255) cctTGAG‑CAGCGGAAAAAAAAATAAAA‑GCGTGTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTA‑AA‑CACACTTATCTACTCAATTTTGG‑T‑TTGC‑ACCCGAAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAg < 1:2307270/122‑1 (MQ=255) tCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTaaaa > 1:1388834/1‑110 (MQ=255) tCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAc > 1:673743/1‑130 (MQ=255) cGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTaaaa > 1:1319261/1‑109 (MQ=255) cGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTaaaa > 2:1365448/1‑109 (MQ=255) cGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCAc > 2:2307270/1‑122 (MQ=255) cGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAc > 1:706192/1‑129 (MQ=255) cGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGc > 1:2154432/1‑238 (MQ=255) aaaTAAGAAAG‑GCGTGCCCTTTGACAAAAAAAAAAAATTTAA‑AC‑CCCTTTTATCTACTCGATTTTGG‑T‑TTCC‑ACCCGAAAAA‑CCCAG‑CTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAtt < 1:262117/120‑1 (MQ=255) gAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CAAACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCAc > 1:1091673/1‑109 (MQ=255) a‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTg > 2:262117/1‑120 (MQ=255) a‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACt > 1:822385/1‑207 (MQ=255) cGTGCCCCTAAACACAAAAACAAATTTTAC‑AA‑CCCACTTATCTACACGAATTTGT‑C‑TTGC‑GCCCAAAAAA‑ACCTG‑ATCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATa < 2:140133/141‑1 (MQ=255) gtCCCTTGACAAAAAAAAAAAATTTTC‑AA‑CACTCTTATCTACTCGATTTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGAAAAA‑CCCGG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACAt < 2:146723/190‑1 (MQ=255) tGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑Ac > 2:118481/1‑63 (MQ=255) tGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑Ac < 1:118481/63‑1 (MQ=255) gACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGa > 1:140133/1‑141 (MQ=255) acaaaTAAAAATTTTTC‑AA‑CACACTAATCTACCTAAATTTGG‑T‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACAAG‑GCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAt < 2:1143549/91‑1 (MQ=255) acGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTa > 1:146723/1‑190 (MQ=255) aaaacaCAAACTTTCA‑AA‑CATACTTACCCACGTGATTTTGG‑C‑TTGC‑ACCCCAAAAA‑CCCAG‑TACTCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGataaa < 1:159130/234‑1 (MQ=255) aaTACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑Ac > 2:182970/1‑56 (MQ=255) aaTACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑Ac < 1:182970/56‑1 (MQ=255) aTACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCAc > 2:1246343/1‑87 (MQ=255) aaTTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGt > 1:1143549/1‑94 (MQ=255) ttC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATATGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAAAATATTTATGTATTGCa > 1:2148478/1‑112 (MQ=255) ctttATCTACTCGAATTTAG‑C‑TGCC‑ATCAGAAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGgag < 2:2154432/237‑1 (MQ=255) atttATCTACTCGAATTTGC‑C‑TTGC‑CCCCAAAAAA‑ACCAG‑GCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGt < 2:1941793/80‑1 (MQ=255) acTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGt > 1:1061408/1‑82 (MQ=255) tttATCTACTAAATTTTGG‑C‑TTAC‑ACCCAAAAAA‑CCCAG‑TCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCgg < 1:1786681/234‑1 (MQ=255) ttATCTACTCAATTTTGG‑C‑TTGC‑ACCCAAAAAA‑CCCGG‑GCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGt < 2:479920/80‑1 (MQ=255) tCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatatat > 1:1941793/1‑82 (MQ=255) tCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGgatga > 2:330378/1‑239 (MQ=255) gAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatatat > 1:479920/1‑80 (MQ=255) gAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatatat > 1:1892700/1‑80 (MQ=255) gAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTa > 1:1885584/1‑117 (MQ=255) gAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATa > 1:1919306/1‑239 (MQ=255) tggttgccaccGAAAAA‑ACCCGAGACACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTTTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAAtgtg < 2:1644721/230‑1 (MQ=255) c‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAc > 1:2120559/1‑52 (MQ=255) c‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGAtt > 1:1881260/1‑111 (MQ=255) | TTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGA‑AGAAACTTTTTT‑AT‑GTGCATGAAGATTTAA‑TGCCTCCTCCTTGAG‑CATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGG‑C‑TTGC‑ATCCGCAAAA‑ACCAG‑GTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTG > NC_000913/3665468‑3665927 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |