| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 249,538 | 0 | T | G | 33.8% | 106.7 / 11.7 | 78 | pseudogene (533/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/33); new base G (23/3); total (42/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.41e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTTG > NC_000913/249306‑249774 | gAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCa < 1:92299/239‑1 (MQ=255) ggggTTACCCTTTCCTTTTACCCCGCGCGCCCCCGTTTTGTAACCGAGTTTAAACCTGAGAGGCTGGATCGGCGGAATGTTTTCCCAACTGCCGCGCTGCTCGTTGGTTT‑CGGGGATGGTAAGGTTAACCTTTTCGAGGC‑TTTT‑CGCTTCCTCCACAGCCGCCGGCTGTTCGTCGCCACCCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑tt < 2:1570807/237‑1 (MQ=255) cGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑tt < 1:2077699/238‑1 (MQ=255) ttACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGCA‑TTCCCg > 1:1793303/1‑238 (MQ=255) tACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGGATTTCCCgg > 1:1421586/1‑239 (MQ=255) tgCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑tt < 1:348736/226‑1 (MQ=255) tgCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑tt > 2:348736/1‑226 (MQ=255) tgCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCCGTaccacc > 1:1776774/1‑238 (MQ=255) tgCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGGC‑TTCCCCGGaccacc > 1:1380944/1‑238 (MQ=255) tgCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGGA‑TTCCCGGGaccacc > 2:1112782/1‑238 (MQ=255) tgCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGCA‑TTCCCGGTaccccc > 1:419687/1‑238 (MQ=255) gCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCg > 2:1311599/1‑220 (MQ=255) gCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCg < 1:1311599/220‑1 (MQ=255) gCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGCA‑TTCCCGGGaccaccc > 1:478248/1‑237 (MQ=255) tGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCCAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAAAGGCAGGGGGGGGATTTCCCCGTacacccccca > 2:27001/1‑230 (MQ=255) tGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCAccgcccgc > 1:1486010/1‑239 (MQ=255) cgcccaccgGCGCCACCTTTTGGTACCCGAGGCTTAATCTGATGGGCCCGATCGGCGAATTGTTTCCCCAACGGCCCTGCTCCTCGTTGTTTT‑GGGTGATGGGGGGGTTCGGCTTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTCCCCCCCCCGCCGCCAGCGGCTGTTTCCTCACCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGc < 2:2032150/236‑1 (MQ=255) ccccccaTTTTGTACCGGAGGTTTAACCTGTTAGGCTGGATCGGGGAATTGTTTTCCCACCTGCCCTGCTGCTCGTTGGTTG‑GGGTGAGGGTGGGGGTCAGCGTTTCGGGGT‑TTTT‑CTCTCCCGCCCCCGCCGCCGGCGGCTTTTTGCTCACCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACAt < 2:2210766/232‑1 (MQ=255) ggtgTTGGTAACGGGGTCATAAACTTATGGGCGCGATCAGGGGAGTTGTTCCCAAGCTGACCTGCTGCTCG‑TGGTTTGGGGTGGTGGGGCGGGTAAGCTTTTCGAGGC‑TTTC‑CTCTCCCCCCCCCGCCGCCGGGGGTTTTTTCCTCACCCCCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATccc < 2:2315927/235‑1 (MQ=255) ttttTACCCGAGGCTTAAACTGTTGGGCTCGATCAGCGTAATGGTTTCCCAACTGCCCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑tt < 2:19203/202‑1 (MQ=255) aGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑CTCCCCGGACCACCGCCCGCACG‑AACATAAACCCGGGGGCGGTGGagg > 1:1714588/1‑237 (MQ=255) aGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑CACATAATCCCGGTGGCgggg > 1:2315927/1‑232 (MQ=255) aGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGCA‑TTCCCGGGacca > 1:19203/1‑202 (MQ=255) aTAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCCCCCGCCCG‑CACATAATCCCCGTGGCGGGGTAGAGCCCCCCCGGGCt > 1:374355/1‑239 (MQ=255) aTAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCACCACG‑AACATAATCCCGGGGGCGGGGTAGAGCACCGACGGGCt > 1:1218204/1‑239 (MQ=255) cGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGCC‑ATCCCGGTACCCCCCGCAGCACG‑AACATAAACCCCGGGGGGGGGTAAGGCACCGCCGGGCTTGccctgcgctgcg > 2:167067/1‑229 (MQ=255) tCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCggga > 1:507130/1‑152 (MQ=255) tCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGGA‑ATCCCGGGACCCCCCCCCGCCCGCAAAAAAATCCCGGTGG‑GGGGGAGAGCGCCCGCCGGGTTGCCGGCACC‑CGGTGTAAGCACg > 2:597629/1‑238 (MQ=255) aCCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCCCG‑AACATAATCCCGGTGGCGGGGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCCGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGat > 1:1643227/1‑239 (MQ=255) aCCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCggt > 1:1804299/1‑237 (MQ=255) aCCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGACGGGCA‑TTCCCTGTACCCCCCCCAGCACC‑AACATAAACCCCGCGGCGGTGTAGAGAACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑CTGG‑TACGCAAGGCTTAGGCGag > 2:429666/1‑238 (MQ=255) gtgcctggtGGTTTGCGGTGAGGGGGCGGCTC‑GGGTTTTGAGGG‑TTTTCCCCTCCCCCCCCCGCCGCCGGCGCCTTTTTGCTCACCCGCCAGCCGGTAAACCCAGGCAGGGCGCTGAACAGAAAAAACGGCGGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCg < 2:1776774/231‑1 (MQ=255) ctCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAAAGCAAAAACGGCAGGGGCGGCA‑TTCCCCGTACCACCGGCCACACG‑AACAAAACACCGGGGGCGGGGGAGGACCACGACGGGCGTGGCCGCCGA‑TAGT‑TTCCCACGTCCTCGGCCGTATCGCCGt > 2:2378622/1‑239 (MQ=255) tGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCCCACCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCGCCGCCAGCACG‑AACATAATCCCgg < 1:773914/159‑1 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tCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCa > 2:930310/1‑78 (MQ=255) tCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCa < 1:930310/78‑1 (MQ=255) ccGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGGGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCCGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCCTGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGGG‑GCGATAATCGCCGCCGCGGGGGAGAGCAGGAGGGGAGGGGTCTGCGGCAACAGGccgccgccgg > 2:64955/1‑238 (MQ=255) gCCAGGCGGTAAAACCAGGCAGGGCGCGAAACCACAAAACCGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGACCCACCGCAAGCACG‑AACATAATCCCGGTTGCGGTGTAGAGCAACGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATAGCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCCCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATg < 2:684311/239‑1 (MQ=255) cccgcgcGGTAAAACCAAGCAGGGCGCGGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TCCCCGGCCCCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATg < 2:971410/233‑1 (MQ=255) aGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AAAATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGCCGGGGTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGGCATGGGCGAGATCGCCGTTGTCGCTGGCGCGGGGG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGggag > 2:1478385/1‑196 (MQ=255) ccGGTAAACCCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAACCGGCGGGTGCGGCA‑TCCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtca < 1:429666/238‑1 (MQ=255) gggaaaacCCAGGCAGGCCGCTAACAAGCAAAACCGCCAGGGGCGCCA‑TTCCCGGTCCCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtcat < 2:1380944/234‑1 (MQ=255) cGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtca < 1:1519907/237‑1 (MQ=255) aaaaCCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCGGGTGCGGCA‑TTCCCGGTCCCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGc < 1:1037928/238‑1 (MQ=255) acccAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATcgccg < 1:2313710/172‑1 (MQ=255) aaCCAAGCAGGGCGCTAAACAGCAAAACCGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGcaca < 1:1488013/239‑1 (MQ=255) ggCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGatat < 2:1551928/128‑1 (MQ=255) ggCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGatat > 1:1551928/1‑128 (MQ=255) ggCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCCGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGGCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGGG‑ACGAAAATAGCCGCCGCGggggg > 2:2313710/1‑173 (MQ=255) gcgcTAAACAGCAAAAACGGCGGGGGCGGCA‑TTCCCGGTCCCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATActgctg < 1:167067/236‑1 (MQ=255) aaaaaGGACAGGTGCGGCT‑TCCACGATCCAGCCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGGGCAGCAGGGAAGGGATGTGCGCCGCCAGGCCGGCGCCGATGGGCATCAGCACATACGGCTGGAAGGCAGCAt < 2:2076665/235‑1 (MQ=255) aaaCGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGGGGCGGGGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCCGC‑TGGT‑TACGCCCGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGGG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGGGGGGAGCAGCAGGGAAGGGGTCTGCGCCCCCAGGCCGTGGCCGGTGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGGCGCATCgcgg > 2:2393933/1‑235 (MQ=255) ggttGCGGCT‑TTCCCGGTCCCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGt < 1:753275/235‑1 (MQ=255) 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tGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTTg < 1:720700/237‑1 (MQ=255) | GAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTT‑CGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGC‑TTTT‑CTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCA‑TTCCCGGTACCACCGCCAGCACG‑AACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGC‑TGGT‑TACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTG‑ACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTTG > NC_000913/249306‑249774 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |