Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 1,755,429 | (T)5→4 | intergenic (‑288/‑269) | ydhZ ← / → pykF | uncharacterized protein/pyruvate kinase I |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,755,425 | 0 | T | . | 99.1% | 474.1 / ‑3.5 | 108 | intergenic (‑284/‑273) | ydhZ/pykF | uncharacterized protein/pyruvate kinase I |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (67/40); total (67/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CTTTATACCTATTTATCATGCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCAGACAAATAACGCGATAAATTATTTTAACTGTAGCAATTGAGCGATGATATATTTATACACCGGATGAACTTTCACTTATCCTCACACTGACAACTTCGGCACCAGACGTTGCGCAAACAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTGTTTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCAACGACTCAAAAACAGGCACTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAA > NC_000913/1755143‑1755703 | cTTTATACCTATTTATCATGCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCAGACAAATAACGCGATAAATTATTTTAACTGTAGCAATTGAGCGATGATATATTTATACACCGGATGAACTTTCACTTATCCTCACACTGACAACTTCGGCACCAGACGTTGCGCAAACAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCtgttttgt < 2:727952/288‑3 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |