| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,755,429 | (T)5→4 | intergenic (‑288/‑269) | ydhZ ← / → pykF | uncharacterized protein/pyruvate kinase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,755,425 | 0 | T | . | 97.6% | 957.5 / 14.6 | 212 | intergenic (‑284/‑273) | ydhZ/pykF | uncharacterized protein/pyruvate kinase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base . (79/128); total (81/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GCGCAAACAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTGTTTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCAACGACTC > NC_000913/1755327‑1755519 | cgcAAACAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCtgtt < 2:4621273/99‑1 (MQ=255) gcAAACAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCtgttt > 1:1220130/1‑99 (MQ=255) cAAACAGTGAAGTTTTTTTTTTATCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCtgtttt > 2:1660809/1‑99 (MQ=255) cAAACAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCtgtttt < 1:1413352/99‑1 (MQ=255) aaaCAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCtgttttg < 2:1285856/99‑2 (MQ=255) aaCAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACGAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCtgttttgt < 1:4519026/99‑3 (MQ=255) 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2:1732349/1‑99 (MQ=255) tGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTcc < 1:3616735/99‑1 (MQ=255) gAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTcc > 2:4628509/1‑99 (MQ=255) gAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCt < 1:4805624/99‑1 (MQ=255) aGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCttt < 1:1978100/99‑1 (MQ=255) gTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCtttt < 1:726315/99‑1 (MQ=255) atttttGCGTAACCCTTTCGCTGGATTGTTTAATGTTTGGTAACAATTTGTTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGTGACGCTG‑TTGTGTTGTCCtttt < 2:2920289/98‑1 (MQ=255) tttttGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTg < 2:631031/99‑1 (MQ=255) tttttGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTg < 2:3807327/99‑1 (MQ=255) tttttGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTg < 1:4441575/99‑1 (MQ=255) tttGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGa < 1:4636235/99‑1 (MQ=255) tttGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGa < 2:3558253/99‑1 (MQ=255) gTAACCTTTTCCCTGTAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAAt < 1:3156234/99‑1 (MQ=255) gTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTGTTTTTGTTTTCCTTTTGGATTaa > 2:314282/1‑99 (MQ=255) gTAACCGTTGCCCTGGAAGGTTAAATGTTTGATAACAATGTATTGTTTAACAAGTTGTATA‑TTATTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTaag < 2:673533/99‑2 (MQ=255) atccTTTTCCCTCGAACGTGAAATCTTTGGTGTCAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTCGTTGTAACGCTG‑TTTTGGTATCCTTTTGGATTAAttt < 2:1440209/97‑1 (MQ=255) aaCCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAAttt > 1:3952545/1‑99 (MQ=255) ccTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCa < 2:5478401/99‑1 (MQ=255) ttttCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGc < 2:2963346/99‑1 (MQ=255) tCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGta < 1:4718718/99‑1 (MQ=255) ccTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCCG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGtata > 1:1698531/1‑99 (MQ=255) cTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATaa > 2:4227345/1‑99 (MQ=255) gAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgc < 1:4169965/99‑1 (MQ=255) gAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgc > 1:331560/1‑99 (MQ=255) gAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgc > 1:2729687/1‑99 (MQ=255) cGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgcgcg > 1:1079123/1‑99 (MQ=255) cGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgcgcg > 2:889523/1‑99 (MQ=255) gTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgcgcgc > 2:4967081/1‑99 (MQ=255) gTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgcgcgc > 1:5488554/1‑99 (MQ=255) aTCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAAtt < 1:5410371/99‑1 (MQ=255) aTCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATA‑TTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAAtt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |