Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,510,524 | C→A | intergenic (+391/+166) | yjhV → / ← fecE | pseudogene, KpLE2 phage‑like element/ferric citrate ABC transporter ATPase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,510,524 | 0 | C | A | 95.7% | 609.7 / 8.2 | 187 | intergenic (+391/+166) | yjhV/fecE | pseudogene, KpLE2 phage‑like element/ferric citrate ABC transporter ATPase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/6); new base A (81/98); total (83/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCA > NC_000913/4510428‑4510619 | tGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGatc < 1:1639863/99‑1 (MQ=255) tcGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTg < 1:407671/98‑1 (MQ=255) ccGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGACCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTg < 1:357182/99‑1 (MQ=255) cGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCGAGACTGTTTTGAAGGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTgg > 2:4080623/1‑99 (MQ=255) gTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGt < 1:2092397/99‑1 (MQ=255) tAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGtt < 1:302085/99‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) taCAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGAt < 2:2149365/99‑1 (MQ=255) aCAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGAtt > 2:4007840/1‑99 (MQ=255) cAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTa < 2:1517289/99‑1 (MQ=255) aGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTAt > 2:641684/1‑99 (MQ=255) aaaTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGa > 2:2599091/1‑99 (MQ=255) ttGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGTTCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCATGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAAc < 2:3609276/98‑1 (MQ=255) aTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAAc < 2:3900720/99‑1 (MQ=255) aTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAAc < 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aaaGCAGAGTGCAAAATTGACTACCGTGATTACGAAACGGAAGCAAGCCGAGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCATTGATTAAGAACCTGTCAGc < 2:817946/98‑1 (MQ=255) aGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCt > 1:294705/1‑99 (MQ=255) gCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTa < 2:2703211/99‑1 (MQ=255) gCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTa > 1:1391936/1‑99 (MQ=255) cAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTaa > 2:2182552/1‑99 (MQ=255) agagTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTaaa < 1:1895067/99‑1 (MQ=255) gagTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAaag < 1:996404/99‑1 (MQ=255) gagTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAaag > 1:106114/1‑99 (MQ=255) ttCAAAATTGATTGCAGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCCGTACAGCTCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCAGTCAGCCTAaagcaa > 2:56433/1‑99 (MQ=255) cAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAaagcaagc < 1:1319741/99‑1 (MQ=255) cAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAaagcaagc < 1:138513/99‑1 (MQ=255) cAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAaagcaagc < 1:3054116/99‑1 (MQ=255) cAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAaagcaagc > 1:283122/1‑99 (MQ=255) cAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAaagcaagc > 2:1924901/1‑99 (MQ=255) cAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAaagcaagc < 2:1465214/99‑1 (MQ=255) aaaTTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCgg < 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2:321643/99‑1 (MQ=255) aGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGtt < 2:3250919/99‑1 (MQ=255) aGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGtt < 2:1850107/99‑1 (MQ=255) gcatGTACAGATCTGGTTTGGGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGACAAGTTc > 2:3586904/4‑99 (MQ=255) cTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAg < 2:972685/99‑1 (MQ=255) tGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGc < 2:2846764/99‑1 (MQ=255) gTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGcc > 1:111122/1‑99 (MQ=255) tACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGccc > 1:4012236/1‑99 (MQ=255) cAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCa > 1:289297/1‑99 (MQ=255) cAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCa > 1:2310370/1‑99 (MQ=255) | TGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCA > NC_000913/4510428‑4510619 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |