| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,628,644 | A→T | C99S (TGT→AGT) | yfgF ← | cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase, anaerobic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,628,644 | 0 | A | T | 96.5% | 456.4 / ‑0.0 | 141 | C99S (TGT→AGT) | yfgF | cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase, anaerobic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/3); new base T (60/76); total (62/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
ACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCC > NC_000913/2628548‑2628740 | acacAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACtga < 1:3591216/99‑1 (MQ=255) cacaATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACtgag > 1:842100/1‑99 (MQ=255) acaATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTgaga > 2:759463/1‑99 (MQ=255) acaATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTgaga > 2:2362618/1‑99 (MQ=255) acaATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTgaga < 1:365413/99‑1 (MQ=255) caATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGaa < 1:4310173/99‑1 (MQ=255) aaTCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGaat < 1:982647/99‑1 (MQ=255) aaTCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGaat > 1:1705759/1‑99 (MQ=255) tCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGaatga > 2:1450032/1‑99 (MQ=255) cTGGCAGAATATAGGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGaatgtt < 2:3352553/99‑3 (MQ=255) tGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCTCCAACTGAGaatgata > 1:3051543/1‑99 (MQ=255) ccAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGaatgataat < 2:1567967/99‑1 (MQ=255) ccAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGaatgataat < 1:2054345/99‑1 (MQ=255) gAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGaatgataatgat < 2:2076469/99‑1 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1:43295/1‑99 (MQ=255) ataCGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGataata > 2:3195127/1‑99 (MQ=255) aCGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCCACAGAGAATGATAATGATAATaaa > 1:2877696/1‑99 (MQ=255) aCGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATaaa < 2:1829292/99‑1 (MQ=255) cGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATaaaa < 2:1614954/99‑1 (MQ=255) gCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACATGGTTACGCCGGGGCGGAAAGACCCTGTAACAGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAAt > 2:4173855/1‑99 (MQ=255) cTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAAtt < 2:901719/99‑1 (MQ=255) tGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTa < 2:3273785/99‑1 (MQ=255) gggAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAg < 1:157158/99‑1 (MQ=255) ggAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGc < 2:2947004/99‑1 (MQ=255) ggAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGc < 1:2654916/99‑1 (MQ=255) gAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGcc > 1:3597821/1‑99 (MQ=255) gAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGcc > 1:119071/1‑99 (MQ=255) aaaTTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCg < 1:2393748/99‑1 (MQ=255) aaTTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGt < 1:3533172/99‑1 (MQ=255) ttAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGCTAATGATAATAAAATTAGCCGTTa > 1:539516/1‑99 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2:1876857/99‑1 (MQ=255) gggAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATAttt < 2:639230/99‑1 (MQ=255) ggAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTg > 1:873043/1‑99 (MQ=255) gAGTAAAGACCCTGTAACTGCCGCAACTGAGTGTGATAATGATTATAAAATTACCCGTTAATAATAAAGATTAGTAAAAACCCACCTCTGCATATTTGc > 2:1538581/1‑99 (MQ=255) gAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGc < 1:3514828/99‑1 (MQ=255) gAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGc < 2:3408062/99‑1 (MQ=255) aGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCg < 1:2242592/99‑1 (MQ=255) aGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCg < 2:1287431/99‑1 (MQ=255) 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2:670887/1‑99 (MQ=255) tAACCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCt < 1:1785458/99‑1 (MQ=255) aCCGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTaa < 1:1635036/99‑1 (MQ=255) ccGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAg > 2:1130773/1‑99 (MQ=255) ccGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAg < 2:2840366/99‑1 (MQ=255) cGCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAgg > 2:1359457/1‑99 (MQ=255) gCCCCAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAACCCCAGCTCTGCACATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGc > 2:1890195/1‑99 (MQ=255) ccccAACTGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCg > 1:590248/1‑99 (MQ=255) ccAACAGAGAAAGATAATGATAATAAACTTAGCCGTTAATGAAAAAAAAAAAAAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGAt < 2:3489820/99‑1 (MQ=255) aCAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATccc < 1:3408503/99‑1 (MQ=255) | ACACAATCTGCCAGAATATACGCTGGGAAATTAAACGGGTATCACCATGTGAAACGTTGTTACGCCGGGGAGTAAAGACCCTGTAACCGCCCCAACAGAGAATGATAATGATAATAAAATTAGCCGTTAATGATAGCGTTTCGTAAAAACCCAGCTCTGCATATTTGCGGACAAAAATCCCTAAGGCGATCCC > NC_000913/2628548‑2628740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |