Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,813,272 | 0 | C | T | 26.5% | 79.4 / 22.3 | 49 | S181L (TCG→TTG) | dfp | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenoylcysteine synthetase, FMN‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/35); new base T (13/0); total (14/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.33e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCG > NC_000913/3813054‑3813492 | gcgggttgttCTGGTTCCCCCGGCCCCTGTGCCGGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCaa < 1:1686019/219‑1 (MQ=255) ggtgtGGCTACACCGCGGCCGGGGGCCGTGCCCGCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGa < 1:1230332/225‑1 (MQ=255) gTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGGACG‑GCATTTTTTG‑CCGTCAACGAcccct > 1:1513533/1‑225 (MQ=255) tACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGGAGC‑GCCTTTTTTGCCCGTCCAACACCTGaaaaacatg > 1:694632/1‑223 (MQ=255) gtggcgtggCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCt < 1:664462/207‑1 (MQ=255) gTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGGGGCGGCATTTTTTCCCCCCCACCACCCTCAAACATCTG‑aaatttttaca > 2:663294/1‑219 (MQ=255) cccccGCATTGAACCAGCAGATGTGCGGTGCCGCTGCGGCGCAGCATAATTTGGGGGTGTTTGCTGCCGGTGGTTTGCTCATCGGGGGGGCAG‑ACGGTGGCAGCCGGGCTGGGGGTGATATGGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTGGC‑GGATTTTTCGCCCGTCAACGCCCTGAAACATCGG‑AAAATTATGATTACCGCCGGccc < 2:980820/228‑1 (MQ=255) ccccccCATGACCCAGCGGTTGGCCCTGTCCGCTGCCACGAAGAATAATTAAGAGGTGCTTGCTTCCGGTGTTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGTTCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGCCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGccc < 2:693412/228‑1 (MQ=255) cGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGA‑GCTTCTTTTGCCCCCTCACGACCCTAAACATCTGTAACTTTTTGTTTACCCCCGcccccc > 2:460891/1‑226 (MQ=255) tGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACAt < 1:1634105/175‑1 (MQ=255) cgttGCCCCGCGGCATAATTTAGGGGTGTTGGTTTCCCGGGGTTGCCTCATCGGGGGGCCAG‑AAGGGGGCATTAGGGCTTGGGGTGATTTCGGTCCGGGGCGAATGCTCGTTCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTta < 2:1604228/225‑1 (MQ=255) tgcaTAATTTAGAGGTGTTTGCTTCCCGTGGTTGTCTCA‑CTGGGGGCCCGAACGGGGGCCTTAGGTCTTGGGGTAATACCGGTCCTGGCGGAATGCTCGAACCGTTAACCATTGTGAATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTCCGCCCGTCACCGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTCCCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATca < 2:1510919/228‑1 (MQ=255) tttAGGGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCCCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCGGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTcc < 1:461704/229‑1 (MQ=255) agGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AAc < 1:472381/155‑1 (MQ=255) ggTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGGGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCgg < 1:1232320/225‑1 (MQ=255) cttgcttCCTGGGGTTTGCTCATCGGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGGGGTGATATCGGTCCTGGGCGAAGGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGccc < 2:1455268/170‑1 (MQ=255) cttgcttCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTTGCCCGTCCACCACCTGAAACATCTG‑AAAATTATGATTAACGCCGGccc > 1:1457766/1‑170 (MQ=255) cttgcttCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCaa < 1:251953/131‑1 (MQ=255) cTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGGAGG‑GCCTTTTTTTCCCGTCAACGCCCCTAAACATCTG‑AACAATATGATTAACGCCCGCCCCACGCGGTAACCGCCCCCACCGCTGCGTTTTATTTCTCCTCACAGCCCCCGCCAGATGGGGTTTGGTATtgccgccgccgac > 2:804618/1‑227 (MQ=255) ggCCAG‑ACAGTGGCAGCTAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGG‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGc < 1:990464/156‑1 (MQ=255) cAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGGAGG‑GCCATTTTTTCCCCCCCACAACCCGGAACAACCT‑TACAATATGATTACCTCCCGCCCCCCGCCGCGACCGCCCGATCCCGTGCGGGATTTctct > 2:1327988/1‑176 (MQ=255) cAG‑ACAGTGGAAGTCAGGCTTGTGGTGTTATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGCCCTGAAACATCTG‑AACATTATGTTTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATctct < 1:1330284/176‑1 (MQ=255) g‑ACAGTGGCAGGAAGGCTTGTGGTGATTTCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATAGGGC‑GGTGGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATc < 1:1342065/157‑1 (MQ=255) gCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GAATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑a < 1:467501/108‑1 (MQ=255) gTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGa < 1:213782/96‑1 (MQ=255) aGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGa < 1:1737678/93‑1 (MQ=255) tgatgtgcGGTCCGGGGCGAATGCTCGACCCTTTAACCTGTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCTTTTTCCGCCCGTAAACGACCTGAACCATCTG‑AACATTATGATTCCCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACg < 2:893102/214‑1 (MQ=255) atatCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTTGG‑GCCCTTTTTTCCCGTCCACCACCTTGAACATCTG‑AACATTTTTATTTCCCCCCCCCCCACGCGTGAACCGcc > 2:163802/1‑126 (MQ=255) atacCGGTCCTGGGCGAATGCTCGACCCGTTAACCATGGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGCCCTGAAACATCTG‑AACATTATGATGACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCt < 1:164079/127‑1 (MQ=255) ggTCCTGGGCGAATGCTCGTTCCGTTACCCATTGTGGATTTGGC‑GGTAGC‑GCATTTTCCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGgcgc < 1:44704/203‑1 (MQ=255) ggTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGGAGC‑GCGTTTTTTTCCCGCCAACCACCTGGAAAACCTG‑AACAATATGATTAACCCCGGCCCCACCCGTGAACCGCCCCATCCCGGGCGGTTTATCTCTTATCACAACTCCCGCAAGAAGGGTGTTGCTTTCGTCGCCGCCCCGGCCCCTCGCGgggc > 2:44634/1‑203 (MQ=255) gTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATTTGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCg < 1:1203221/156‑1 (MQ=255) tCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGG‑GCGATTTTTTCCCCTCAACGACCCTAAAAATc > 2:747245/1‑80 (MQ=255) tCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATc < 1:748554/80‑1 (MQ=255) tAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTTGCCCGCCAACGACCTGAAACAACTG‑AAAATTATGATTACCGCCCGCCCGACCCGGGGACCGCCCCATCCgggg > 2:514033/1‑105 (MQ=255) tAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTc < 1:282412/98‑1 (MQ=255) tAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTg < 1:514942/107‑1 (MQ=255) aTTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCCTTTTTCGCCCCCCAAAAACCTGAAAAAATTG‑AACATTATGATTAACgcccgccc > 1:822013/1‑77 (MQ=255) aTTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGccc < 2:820577/77‑1 (MQ=255) tgtgGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTTGCCCCGCCACGACCTGAAAAAt > 1:64953/1‑49 (MQ=255) tgtgGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACAt < 2:64845/49‑1 (MQ=255) tgtgGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTAAACCATCTG‑AACATTATGAt < 2:1167421/63‑1 (MQ=255) gtggtttgggC‑GGTGGC‑GCATTTTTCGCCCGGCAACGACCTGAACCATCTA‑AACATTATTATTCCCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACgtg < 1:1574634/221‑1 (MQ=255) tgGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTTGCCCGTCAACCACCTGAAACAACtt > 1:1339029/1‑49 (MQ=255) tgGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTGTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTg < 2:1336717/50‑1 (MQ=255) ggC‑GGTGCC‑GCATTTTCCGCCCGCCACCGCCCTGAACCATCTG‑AACATTATGATTCCCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCg < 1:1051121/208‑1 (MQ=255) ggC‑GGTAGC‑TCATTTTTCGCCCGGCAACGCCCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGtt < 1:1505813/223‑1 (MQ=255) c‑gcATTTTCCGCCCGTCAACGACCTGAACCATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACcgc < 1:586219/229‑1 (MQ=255) cattttttCGCCCGTCAACGCCCTGAACCATCTG‑AACATTGTGTTTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACcgcg < 1:806020/226‑1 (MQ=255) | GACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAG‑ACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGC‑GGTAGC‑GCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTG‑AACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCG > NC_000913/3813054‑3813492 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |