| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 28,175 | T→A | W295R (TGG→AGG) | rihC → | ribonucleoside hydrolase 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 28,175 | 0 | T | A | 98.0% | 342.1 / ‑1.9 | 100 | W295R (TGG→AGG) | rihC | ribonucleoside hydrolase 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (53/45); total (54/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCC > NC_000913/28078‑28270 | tACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAgagg < 2:1054016/100‑1 (MQ=255) ccTCGGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAgagggt < 2:1567734/100‑1 (MQ=255) ccTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAgagggt > 2:1605657/1‑100 (MQ=255) cTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGAGCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAgtgggtg > 1:1496369/1‑100 (MQ=255) aGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCt < 1:1886241/100‑1 (MQ=255) ggCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAgagggtggagg > 2:2364188/1‑97 (MQ=255) ggCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTg > 2:566790/1‑100 (MQ=255) ggCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTg > 1:786010/1‑100 (MQ=255) gCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGa < 2:1058555/100‑1 (MQ=255) gCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGa < 1:718152/100‑1 (MQ=255) cACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAg > 2:864813/1‑100 (MQ=255) acgGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAgatcg > 1:172753/1‑96 (MQ=255) cgGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCt > 2:1638462/1‑100 (MQ=255) ggtTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGct < 1:1774289/100‑1 (MQ=255) gtTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGctc > 1:1830933/1‑100 (MQ=255) ttGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGctct > 1:923956/1‑100 (MQ=255) gATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTgg > 2:1045050/1‑100 (MQ=255) gATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTgg < 1:38631/100‑1 (MQ=255) gATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTgg < 1:1623058/100‑1 (MQ=255) atatCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGc < 1:1439739/100‑1 (MQ=255) atatCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGc < 1:715499/100‑1 (MQ=255) tatCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGcg > 1:1100700/1‑100 (MQ=255) tatCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGcg > 1:200146/1‑100 (MQ=255) tCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGcgtc < 1:229126/100‑1 (MQ=255) tCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGcgtc < 1:218575/100‑1 (MQ=255) cGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGcgtcg < 2:1266436/100‑1 (MQ=255) ggTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAAc > 2:1455095/1‑100 (MQ=255) ggTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAAc < 2:899377/100‑1 (MQ=255) tGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTg > 1:1406516/1‑100 (MQ=255) tGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTg > 2:2399442/1‑100 (MQ=255) gCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGt > 2:917736/1‑100 (MQ=255) gCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGt > 1:1171204/1‑100 (MQ=255) tGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTcac > 1:2132763/1‑100 (MQ=255) tGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTcac > 1:2302888/1‑100 (MQ=255) cAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGt < 2:137158/100‑1 (MQ=255) cAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGt > 2:772510/1‑100 (MQ=255) cAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGt < 1:1290797/100‑1 (MQ=255) cgcccagccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGtt > 2:1204986/4‑100 (MQ=255) aaGCCAGCCAATGTACAGGCGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGtt < 2:1853123/100‑1 (MQ=255) agccagccAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTa > 2:1678720/1‑100 (MQ=255) gccagccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTAt > 1:2320108/1‑100 (MQ=255) gccagccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTAt > 2:1006618/1‑100 (MQ=255) gccagccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGGTAt > 1:1234894/1‑100 (MQ=255) cagccaGTGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAACGGCTTCTTGCAGAGGGTGGCTGACGTGCTGGACCTCGCGGCGTGACCCGTCACATGTTATTg > 2:2512091/1‑100 (MQ=255) cagccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTg > 2:2546061/1‑100 (MQ=255) cagccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTg > 2:2546127/1‑100 (MQ=255) agccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTgg < 2:1595088/100‑1 (MQ=255) agccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTgg > 2:1034042/1‑100 (MQ=255) agccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTgg < 2:585578/100‑1 (MQ=255) agccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTgg < 2:1833443/100‑1 (MQ=255) ccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCa < 2:908601/100‑1 (MQ=255) ccaATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCa < 2:1637201/100‑1 (MQ=255) caATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGTTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCAt > 2:2513608/1‑100 (MQ=255) aaTGTACAGGTGGCATCGGATCTGGATGTGAACGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATg < 1:121204/100‑1 (MQ=255) aTGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGc > 2:1510932/1‑100 (MQ=255) tGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCa > 1:822963/1‑100 (MQ=255) tGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCa > 1:2612571/1‑100 (MQ=255) gTACAGGTGGGGTTGGATGTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGGTGAGGTGCTGGGTCTGGCGTCGTAACCTGTCGCATGTTATTGGCATGCAg < 2:1589038/100‑1 (MQ=255) gTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAg < 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2:2306712/97‑1 (MQ=255) aaGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGa < 2:1703268/100‑1 (MQ=255) aGGCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGat < 1:1300428/100‑1 (MQ=255) ggCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGaga > 1:2351504/1‑98 (MQ=255) gCTTCCAGCAGAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGatat < 2:303506/100‑1 (MQ=255) cTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATAtc > 2:121397/1‑100 (MQ=255) cagcagAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATAtccctc > 1:1637281/1‑100 (MQ=255) agcagAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATAtccctcc > 1:2237350/1‑100 (MQ=255) gcagAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATAtccctccc > 1:712391/1‑100 (MQ=255) gcagAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATAtccctccc < 1:1260334/100‑1 (MQ=255) gcagAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATAtccctccc < 1:1703428/100‑1 (MQ=255) gcagAGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATAtccctccc < 1:2041948/100‑1 (MQ=255) | TACCTCAGGCACGACGGTGGTTGATATCGACGGTTGCCTGGGCAAGCCAGCCAATGTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCC > NC_000913/28078‑28270 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |