| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,624,020 | G→A | intergenic (‑170/+85) | dgcZ ← / ← ydeI | diguanylate cyclase, zinc‑sensing/hydrogen peroxide resistance OB fold protein; putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,624,020 | 0 | G | A | 98.8% | 559.2 / NA | 160 | intergenic (‑170/+85) | dgcZ/ydeI | diguanylate cyclase, zinc‑sensing/hydrogen peroxide resistance OB fold protein; putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (74/84); minor base C (1/1); total (75/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
ATAGAAATCCGAAGTTATGAGTCATCTCTGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTGCATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCATAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAATTTATTTTTATTTCTGCAA > NC_000913/1623924‑1624116 | aTAGAAATCCGAAGTTATGAGTCATCTCTGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAACAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTCCAt > 2:4707074/1‑100 (MQ=255)aTAGAAATCCGAAGTTATGAGTCATCTCTGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACAt < 1:2518148/100‑1 (MQ=255)aTAGAAATCCGAAGTTATGAGTCATCTCTGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACAt < 2:1514446/100‑1 (MQ=255) tAGAAATCCGCAGTTATGAGTCATCTCTGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAGATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACAtt > 2:4678776/1‑100 (MQ=255) aaTCCGAAGTTATGAGTCATCTCTGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCg < 1:2399391/100‑1 (MQ=255) aaTCCAAAGTTATGATACATCCCTGAGAGAACATTGTTATTCAACGCAAAATCAGGGGACAAAAAAGTGTTTAATTATCTAAATTACCTCTCCCTTATCg < 2:4838717/100‑1 (MQ=255) 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cATCTCTGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACa > 1:810027/1‑100 (MQ=255) cATCTCTGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACa > 1:1464906/1‑100 (MQ=255) ctctGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAAt < 1:2634562/100‑1 (MQ=255) ctctGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAAt > 1:3022810/1‑100 (MQ=255) ctctGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAAt > 1:4420229/1‑100 (MQ=255) atctGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAGTAAAAGGATGACAAAt < 2:1381045/99‑1 (MQ=255) tctGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATa > 2:48013/1‑100 (MQ=255) tctGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATa > 1:3123252/1‑100 (MQ=255) tctGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATa > 2:204441/1‑100 (MQ=255) tctGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATa > 2:2550326/1‑100 (MQ=255) ctGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAg > 2:1707584/1‑100 (MQ=255) ctGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAg < 1:4754762/100‑1 (MQ=255) tGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGc < 2:3390496/100‑1 (MQ=255) gagaTAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCa < 1:1637895/100‑1 (MQ=255) gagaTAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATGCTGTAAATTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCa < 2:3515609/100‑1 (MQ=255) 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1:3144376/100‑1 (MQ=255) aaaTTACCTCTACATTACCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCAGAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAAtttatttttat < 2:816691/100‑1 (MQ=255) aaTTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCATAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAAtttatttttatt < 2:2711431/100‑1 (MQ=255) aaTTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCATAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAAtttatttttatt > 1:788275/1‑100 (MQ=255) aTTACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCATAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAATttatttttattt < 2:2064665/100‑1 (MQ=255) ttACCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCATAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAATTTATTTTTATTTc < 2:732075/100‑1 (MQ=255) aCCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCGTAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAATTTATTTTTATTTCTg < 2:3342277/100‑1 (MQ=255) aCCTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCATAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAATTTATTTTTATTTCTg < 1:2526308/100‑1 (MQ=255) ccTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCATAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAATTTATTTTTATTTCTGc < 1:3284657/100‑1 (MQ=255) ccTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCATAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAATTTATTTTTATTTCTGc < 2:4859998/100‑1 (MQ=255) ccTCTACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCATAACCCAATACCCTAATGGACCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAATTTATTTTTATTTCTGc > 1:4505990/1‑100 (MQ=255) tctACATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCATAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAATTTATTTTTATTTCTGCaa > 1:3524242/1‑100 (MQ=255) | ATAGAAATCCGAAGTTATGAGTCATCTCTGAGATAACATTGTGATTTAAAACAAAATCAGCGGATAAAAAAGTGTTTAATTCTGTAAATTACCTCTGCATTATCGTAAATAAAAGGATGACAAATAGCATAACCCAATACCCTAATGGCCCAGTAGTTCAGGCCATCAGGCTAATTTATTTTTATTTCTGCAA > NC_000913/1623924‑1624116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |