Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,745,019 | 0 | C | G | 30.8% | 138.2 / 27.9 | 107 | G72G (GGC→GGG) | yiaN | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/56); new base G (19/14); total (37/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCA‑TTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGAGCCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCCTCTGGCGGCATTATCGCGCC > NC_000913/3744781‑3745246 | tCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGGGGAATCATGAAAgcgggc > 1:712632/1‑239 (MQ=255) cGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGGAATCATGAATtcgggcgg > 1:684791/1‑234 (MQ=255) gCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACg < 1:1000177/238‑1 (MQ=255) gCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACg < 2:2283407/238‑1 (MQ=255) gCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACg < 1:2013771/238‑1 (MQ=255) gCTTAATCATGGCTGTGCTGATTGTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACg < 1:3473371/238‑1 (MQ=255) cTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGGGGAACCATGAATGCGGGCGGGTTGTCTCAACg > 1:2557646/1‑237 (MQ=255) cTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGGGAAATCATTAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCa > 1:316425/1‑239 (MQ=255) ttAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCA‑t < 1:1341375/239‑1 (MQ=255) aaTCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCA‑ttg < 1:77240/239‑1 (MQ=255) 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aTTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGGAATCATGAATGCGGGGGGCTTGTCCAAACGCA‑TTTTTGACCTGCCGATGaa > 1:2931676/1‑239 (MQ=255) tttttCTGGTTTGTCTGTGGGGTGTTTTTGTTTTCGGTTTGCTTATGGCCTGGCCTTTTTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATAAGGGCACAACCGGTGGTGAAG‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGGGGGTGAAATCATGAATGCGGGGGGTTTGTCAAAACGCA‑TTGTTGACCTGCCGATGaaa < 2:3172834/239‑1 (MQ=255) ttttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCGGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCA‑TTGTTGACCTGCCGATGAAAc < 1:656451/239‑1 (MQ=255) tCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGGCTGTCAAAACGCA‑TTGTTGACCTGCCGAGGAAACtgg > 1:719300/1‑239 (MQ=255) cTGGGCTGTTTGTTGTGTGGTATGGTGTGCGGTTTGCCTATTCCCTGGGCGCTGTTGTTGGGTGGGGGGTCGTTAATTTTCTGCCTGGACATGTTT‑TATTTCCAGTTCATGGCACACCCGCTGGTGAAG‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCTTTTCCTTTTTTT‑GGGCTGGGGGGTGAAATCATGAATGCGGGGGGCTTTTCAAAACGCT‑TGTTTGACCTGCCGATGAAACtggt < 2:1050352/239‑1 (MQ=255) tGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCA‑TTGTTGACCTGCCGATGAAACtgggg > 1:1714260/1‑237 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |