| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,571,183 | 0 | A | C | 30.8% | 258.2 / 15.7 | 121 | V131G (GTG→GGG) | yjiR | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/42); new base C (4/33); total (45/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.56e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCG‑ACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGG‑TACTGGCGGCTGGGCTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGAT > NC_000913/4570946‑4571409 | cgcAGAATATGCAGAGAACCGTAATAACAGGGGGAGTGGTCCAGGACAATATCGCCCGGTTTCCACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGcaccac < 2:3317991/239‑1 (MQ=255) gcggcaTCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCaccacc < 1:1131795/236‑1 (MQ=255) gcagcaTCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGcaccac < 1:1755982/238‑1 (MQ=255) aataaCAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGTTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCCCCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAg < 1:3396057/238‑1 (MQ=255) aataaCAGGGGGATTCGACCGCGAAAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCGGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAg < 1:727135/238‑1 (MQ=255) taaCAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCaccacc < 1:2943481/216‑1 (MQ=255) ggggATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGcaccac < 1:2771278/209‑1 (MQ=255) ttaccacccGGTTTCCCCACTGCCTGCACCGCCGGCGCCATCGGGTACTGGCGCCGGCTGTTCATGAAGATTTCCGCGGGGGTGCCCACCGAGCCCCTGTCGACCGTCGGGCGGGCATTCGGCTCTCGCAATACTCGTTGCGCGGCTAACAAGTCATACCCGGGAAGGGTTTGCAGATTGTTCGGCACCCCCCGCCTTTGCCCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCG‑ACATc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |