Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 433,649 | 0 | T | G | 36.0% | 151.0 / 42.5 | 182 | G65G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/81); new base G (46/17); total (80/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.12e-02 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
AGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCAC‑GCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCAC‑CAACGTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACACGC‑GTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATG‑TCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCG‑CTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCGCA > NC_000913/433415‑433884 | tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCAC‑GCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCAC‑CAACGTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACACGC‑GTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAGCCAAA‑GGTGGGACCg > 1:2598894/1‑238 (MQ=255) 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ggCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCAC‑GCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCAC‑CAACGTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACACGC‑GTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCTATG‑TCACAATCGAAACCTGTAGCCCACAAGGGCGTACCCCCCCCTGCTGTGAc > 1:2534270/1‑238 (MQ=255) gcgcGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCAC‑GCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCAC‑CAACGTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACACGC‑GTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCCATG‑TCACACTCGAACCCTGTAGCCATCAAGGGCGTACGCCACCGGGCTGTGACg > 1:953204/1‑238 (MQ=255) cgcgGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCAC‑GCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCAC‑CAACGTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACACGC‑GTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATG‑TCACACTCGCACCCTGTAGCCCTCCTGGTCGGACGCCACCGTGCTGTGACGc > 1:3609393/1‑238 (MQ=255) 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AGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCAC‑GCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCAC‑CAACGTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACACGC‑GTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATG‑TCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCG‑CTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCGCA > NC_000913/433415‑433884 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |