New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3240053 = | 124 (1.300) | 3 (0.030) | 3/546 | 10.6 | 2.6% | coding (110/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
? | NC_000913 | 3243689 = | 103 (1.110) | coding (1053/1413 nt) | uxaC | uronate isomerase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
AAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTGTTAGGTA‑CTTTGTTCGTCGGCGCACTGAAAGCCGTTGCCCCCATCCTGGTGTTGATGCTGGTGATGGCATCTATTGCTAACCACCAGCACGGGCAGAAAACCAATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCT > NC_000913/3239767‑3240338 | aaaGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCAGCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAAc > 2:102894/1‑289 (MQ=255) aaaGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAAc > 2:149935/1‑289 (MQ=255) tAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCgcggcg < 1:623018/288‑1 (MQ=255) aTTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCt > 1:783223/1‑289 (MQ=255) tttCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGt < 2:128704/289‑1 (MQ=255) cAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTg > 1:649078/1‑289 (MQ=255) aaTATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTGTTa < 1:470730/289‑1 (MQ=255) ctctTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGCTGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCCCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCACAACCCGCGGCGGCAGCTGTTGGTCTGTTAGGTC‑CTTTGt > 2:454781/1‑289 (MQ=255) ctctTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTGTTAGGTA‑CTTTGt > 1:739584/1‑289 (MQ=255) tctTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTGTTAGGTA‑CTTTGtt > 1:473408/1‑289 (MQ=255) 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aGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTGTTAGGTA‑CTTTGTTCGTCGGCGCACt > 1:691382/1‑289 (MQ=255) aGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTGTTAGGGA‑CTTTGTTCGTCGGCGCAcg > 1:46589/1‑288 (MQ=255) aGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGATTTTTTCGGGC‑TGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGGCTTTGGTCTGTTCGGTACCTTTGTT‑GTCgggcgcctg > 2:61485/1‑282 (MQ=255) ttCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGCTCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGGTGGTCTGTTAGGTA‑CTTTTTTCGTCGGCGCTCTGCAAGcc > 1:629330/1‑289 (MQ=255) tAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTGTTAGGTA‑CTTTGTTCGTCGGCGCACTGAAAGCCGTTGCCCCCATCCTGgt > 2:519431/1‑289 (MQ=255) tataCTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTGTTAGGTA‑CTTTGTTCGTCGGCGCACTGAAAGCCGTTGACCCCATCCTGGTGTTGATGCTg > 1:448591/1‑289 (MQ=255) cTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTGTTAGGTA‑CTTTGTTCGTCGGCGCACTGAAAGCCGTTGCCCCCATCCTGGTGTTGATGCTGGTg < 2:99338/288‑1 (MQ=255) gACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCCGTTAGGTC‑CTTTGTTCGTCGGCGCACTGAAAGCCGTTGCACCCATCCTGGTGTTGATGCTGGCGATgg > 1:68106/1‑289 (MQ=255) aCCTTGCAGACACTTGGTTACATCCTGAAAGATGCGTAGACAGAACGCACCAGCGAGGTG‑CGCCAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGCCGACGCAACGTTCACCTGGGCTGTTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGGTCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTGTTAGGTA‑CTTTGTTCGTCGGCGCACTGAAAGCCGTTGCCCCCATCCTGGTGTTGATGCTGGTGATGGc < 2:675631/289‑1 (MQ=255) 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AAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTACATCCTGAAAGATGCGTCGACAGAACGCACCAGGGATGTG‑CGACAACACAATGAAAGGATCGAAAAATGACTACGCAACGTTCACCGGGGCTATTCCGGCGTCTGGCTCATGGCAGCCTGGTAAAACAAATCCTGGTCGGCCTTGTTCTGGGGATTCTTCTGGCATGGATCTCAAAACCCGCGGCGGAAGCTGTTGGTCTGTTAGGTA‑CTTTGTTCGTCGGCGCACTGAAAGCCGTTGCCCCCATCCTGGTGTTGATGCTGGTGATGGCATCTATTGCTAACCACCAGCACGGGCAGAAAACCAATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCT > NC_000913/3239767‑3240338 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |